Validace metody High Resolution Melting (HRM) pro účely DNAdiagnostiky; mutační analýza genu cystické fibrózy a vybraných kandidátních genů u mužské infertility

Abstract

V posledních letech došlo k výraznému rozvoji molekulárně genetické diagnostiky (DNA diagnostiky). Jsou zaváděny nové metody a technologie a rozšiřováno spektrum genetických služeb. Jelikož výsledky genetických testů zárodečného genomu mohou celoživotně ovlivnit zdraví a kvalitu života pacienta i jeho rodiny, je kladen důraz na neustálé zvyšování kvality poskytovaných diagnostických služeb. Stále více laboratoří přechází z "domácích metod" na komerční diagnostické soupravy, ale často pak svévolně modifikují protokoly výrobce. Proto je pro zajištění kvality genetických testů nezbytné všechny metody a technologie před zavedením do rutinní diagnostické praxe řádně validovat a verifikovat. V této dizertační práci jsem se věnovala otázce vhodnosti a využitelnosti metody High Resolution Melting (HRM) v diagnostice na základě její kompletní validace dle mezinárodních požadavků normy na řízení systému jakosti (ISO 15189). Potvrdili jsme užitečnost této metody a její výhody pro mutační skenování neznámých variant i genotypizaci častých polymorfismů, a to na příkladu různých genů (BRCA1, MTHFR či CFTR). Zároveň jsme poskytli metodické pokyny a postupy pro usnadnění diagnostické implementace této technologie a umožnění jejího úspěšného využití i v dalších genetických laboratořích, a na příkladu validace HRM...

During the last years we have observed a rapid development of molecular genetic diagnostics (DNA diagnostics). New methods and technologies are rapidly being introduced and the spectrum of genetic services is gradually extended. Since germline genetic tests might have lifelong influence health and quality of patient's life, all efforts should aim at improvement of the overall quality of provided diagnostic services. An increasing number of laboratories replace their "in- house" developed techniques by the commercial diagnostic assays, but they often modify manufacturer's instructions. Therefore, it is necessary to validate and verify all methods and techniques before their implementation into routine DNA diagnostics. In this thesis I have focused on evaluation and application of High Resolution Melting (HRM) in clinical diagnostic practice based on its comprehensive validation, according to the major international quality assurance standard ISO 15189. On the model of selected genes (BRCA1, MTHFR, CFTR) we have confirmed the high utility of HRM for mutation scanning of unknown variants, as well as genotyping of common variants. Concurrently, we have provided a list of methodical guidelines which could be applied for setting up HRM in other genetic laboratories and provided a diagnostic validation...