Expression, characterisation and biological role of Ddi II, putative protein partner of proteasomal complex
Exprese, charakterisace a biologická role Ddi II, možného proteinového partnera proteasomového komplexu
diplomová práce (OBHÁJENO)
Zobrazit/ otevřít
Trvalý odkaz
http://hdl.handle.net/20.500.11956/54841Identifikátory
SIS: 116359
Kolekce
- Kvalifikační práce [19113]
Autor
Vedoucí práce
Oponent práce
Obšil, Tomáš
Fakulta / součást
Přírodovědecká fakulta
Obor
Biochemie
Katedra / ústav / klinika
Katedra biochemie
Datum obhajoby
27. 5. 2013
Nakladatel
Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakultaJazyk
Angličtina
Známka
Výborně
Klíčová slova (česky)
proteasom-ubikvitinový systém, přenosové proteiny, regulace buněčných procesů, nukleární magnetická resonanceKlíčová slova (anglicky)
ubiquitin-proteasome system, shuttling factors, regulation of cellular processes, nuclear magnetic resonanceHomeostáze vnitřního prostředí buňky je vysoce regulována souborem procesů, mezi které patří i degradace nežádoucích proteinů v buňce pomocí proteasom-ubikvitinového systému. Tento systém se skládá z řady navazujících dějů. Nejdřív je substrát díky specifickým enzymům posttranslačně označen ubikvitinem, následně je transportován a degradován v proteasomu. Rozpoznání substrátu proteasomem může být buď přímé díky proteasomálním receptorům nebo nepřímé pomocí tzv. přenosových proteinů. Tyto přenašeče vážou ubikvitinem označený substrát, který transportují k 19S podjednotce proteasomu. Po navázání se k 19 S proteasomu uvolní substrát do proteasomální kavity, kde je následně degradován. Funkce přenosových proteinů je podmíněna dvoudoménovým uspořádaním. Na N- terminálním konci je tzv. UBL doména "ubiquitin-like domain", která interaguje s proteasomem, a C-terminální konec se vyznačuje alespoň jedním ze skupiny motivů interagujících s ubikvitinem, který váže polyubikvitinový řetězec substrátu. Tato práce se zaměřuje na "DNA damage-inducible protein homolog 2" (Ddi2), protein, který pravděpodobně patří do této skupiny "přenašečů" v lidském organizmu, a na jeho případnou interakci s protesomální podjednotkou PSMD2. UBL doména lidského Ddi2 a protein PSMD2 byly rekombinantně připraveny v bakteriálním expresním...
Cell homeostasis is maintained via strictly regulated processes. One of the important regulation systems is ubiquitin-proteasome proteolytic pathway. Proteins to be degraded are posttranslationally modified with polyubiquitin chains and targeted to the proteasome for degradation. Ubiquitin-proteasome system consists of several processes: ubiquitination of target substrates via set of enzymes, substrate transfer and degradation in the 26S proteasome. There are two ways of ubiquitinated substrate recognition via proteasome. It is either directly by proteasomal receptors or by protein shuttles. Shuttling factors bind polyubiquitinated target substrate and transfer it to the entrance of proteasomal cavity thanks to their typical domain architecture. The N-terminal ubiquitin-like domain binds to regulatory particle of the proteasome and the C-terminal ubiquitin-associated domain binds polyubiqitinated chains on substrates. This thesis focuses on the human DNA damage-inducible protein homolog 2 (Ddi2), a potential member of protein shuttles of humans, and on the interaction of its ubiquitin-like domain with its putative interaction partner, a proteasomal subunit PSMD2. PSMD2 has been cloned, expressed and purified in sufficient yields for further experiments. "Cold" as well as isotopically labeled UBL domain of...