Molekulárně cytogenetické vyšetření chromozomových aberací v mozaice
Molecular cytogenetic analysis of mosaic chromosomal abnormalities
diploma thesis (DEFENDED)
View/ Open
Permanent link
http://hdl.handle.net/20.500.11956/53471Identifiers
Study Information System: 117408
Collections
- Kvalifikační práce [20097]
Author
Advisor
Referee
Král, Jiří
Faculty / Institute
Faculty of Science
Discipline
Genetics, Molecular Biology and Virology
Department
Department of Genetics and Microbiology
Date of defense
10. 6. 2013
Publisher
Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakultaLanguage
Czech
Grade
Excellent
Keywords (Czech)
mozaicismus, numerické aberace, strukturní aberace, Turnerův syndrom, Downův syndrom, marker chromozomy, diagnostika mozaicismu, FISH, array CGHKeywords (English)
mosaicism, numerical aberrations, structural aberrations, Turner syndrome, Down syndrome, marker chromosomes, diagnostics of mosaicism, FISH, array CGHDiplomová práce se soustředí na numerické a strukturní aberace v mozaice. V teoretické části práce je probírána obecná problematika mozaicismu, jeho dopadu na fenotyp, mechanismy vzniku, související epigenetické modifikace a diagnostické možnosti. Praktická část se soustředí především na metodu fluorescenční in situ hybridizace (FISH) a její aplikace při diagnostice mozaicismu. Touto metodou bylo provedeno vyšetření 29 pacientů s numerickými nebo strukturními abnormalitami autozomů i gonozomů v suspektní či prokázané mozaice. Na základě analýz byly stanoveny možné příčiny chyb stanovení a získána data pro statistické hodnocení. U tří pacientů bylo provedeno také vyšetření alternativou komparativní genomové hybridizace - technikou array CGH. Metoda FISH, i přestože stojí na náhodném výběru a na lidské zkušenosti, prokázala dostatečnou senzitivitu a specificitu rovněž v oblasti diagnostiky nízkofrekvenčního mozaicismu. Hlavní kritické faktory zodpovědné za možnou desinterpretaci dat vyvstávaly z vlastností biologického materiálu, nevhodného zacílení analýzy, nestability sond, jevu bleed through a absence mitóz při diagnostice strukturních aberací.
The focus of this diploma thesis is on mosaic numerical and structural chromosomal aberrations. In its theoretical part, general problems of mosaicism, its phenotypic effect, mechanisms of origin, related epigenetic modifications, and diagnostic options are described. The methodical part of the thesis then primarily refers to fluorescence in situ hybridization (FISH) and its application in the diagnostics of mosaicism. This method was used in the examination of 29 patients with numerical as well as structural abnormalities of autosomes or gonosomes with proven or suspected mosaicism. On the basis of this analysis, possible errors of measurement were determined and data for statistic evaluation were retrieved. For the examinations of three patients an alternative of the comparative genomic hybridization, the array CGH technique, was applied. The FISH method, although being based on random selection and human factor, proved sufficient sensitivity as well as specificity in the field of low-frequency mosaicism diagnostics. The main critical factors responsible for potential misinterpretation of the data arose from inherent characteristics of the biological material, incorrect targeting of the analysis, probe instability, bleed through effect and absence of mitosis during the structural aberrations analysis.