Čipová analýza cRNA vzorků plné krve smíchané s RNA laterem u kardiovaskulárních onemocnění.

Abstract

Kardiovaskulární onemocnění jsou jednou z nejčastějších příčin úmrtí v české populaci. Až 80 % úmrtí je způsobeno infarktem myokardu, což je multigenně podmíněné onemocnění. V pořadí třetí nejčastější příčinou úmrtí v České republice je po nemocech srdce a nádorových onemocněních cévní mozková příhoda. Poznatky o genetické etiologii multifaktoriálně podmíněných nemocí se neustále rozšiřují. Naším cílem bylo pomocí celogenomového expresního čipu charakterizovat klinicky významné geny pro tato kardiovaskulární onemocnění. Na základě znalosti těchto genů, bude možné predikovat rizikovou skupinu pacientů, určit adekvátní postup léčby a přispět k navržení vhodné medikace. V rámci této diplomové práce bylo analyzováno 174 vzorků plné krve. Z toho bylo 24 pacientů s cévní mozkovou příhodou, 92 pacientů infarktem myokardu a 56 kontrol. Vzorky jsme získávali z Městské nemocnice v Čáslavi. Vzorky z akutní fáze infarktu myokardu byly porovnávány s kontrolními náběry daných pacientů po šesti měsících od srdeční příhody. K této dvojici vzorků byly pomocí vybraných kritérií přiřazovány kontrolní osoby. Vzorky pacientů s cévní mozkovou příhodou byly porovnávány pouze s přiřazenými vzorky kontrolních osob. Klinicky a statisticky významná diferenciální exprese genů byla stanovena s využitím Bioconductoru verze 2.3...

Cardiovascular diseases are one of the leading causes of death in the Czech population. Up to 80 % of deaths are caused by myocardial infarction, a multigene affected disease. Knowledge of the genetic etiology of multifactorial diseases is continuously expanding. Our aim was due to whole - genome expression chip characterize clinically important genes for these cardiovascular diseases. On the basis of knowledge of these genes we could predict high-risk group of patients, determine appropriate treatment procedures and contribute to the suggestion of appropriate medication. In this work were analyzed 174 whole blood samples. Out of them 24 were stroke patients, 92 patients with myocardial infarction and 56 controls. The samples were collected at the metropolitan Hospital in Čáslav. Samples taken at acute phase of myocardial infarction were compared with control blood collections of these patients after six months from the hearth attack. To these couples of samples were matched samples from control individuals according to several criteria. Samples of stroke patients were compared only with matched controls. Clinically and statistically significant differential expression of genes was ascertained using Bioconductor version 2.3 with package limma in language R version 2.8.1. The statistical analysis...