Vizualizace chemického prostoru

Abstract

Explorace chemického prostoru je nedílná součást procesu vývoje nových lé- čiv a její význam roste s nárůstem výpočetní síly umožňující průzkum větší části prostoru. Jednou z možností explorace chemického prostoru je pak jeho vizuali- zace. V současné době je implementováno několik přístupů k vizualizaci, chybí však framework, který by se primárně soustředil na podporu snadného vývoje nových metod.V této práci jsme sestavili požadavky na takový framework a v souladu s nimi jej následně implementovali. Framework je modulární a umožňuje snadnou implementaci jednotlivých částí vizualizace. Součástí frameworku je ob- služná aplikace, která poskytuje grafické rozhraní pro práci s moduly a prezentaci výstupů vizualizace. Pro jednoduché využití aplikace i bez nutnosti implementace vlastních modulů bylo implementováno několik přístupů k vizualizaci chemického prostoru. Tyto pak byly použity pro otestování funkčnosti nad uměle připrave- nými i reálnými daty. 1

Exploration of chemical space is an important part of the drug discovery pro- cess and its importance grows with computation power which permits to explore greater parts of the chemical space. One of the possibilities of the exploration is vi- sualization. Currently, several method for visualization are implemented but there exists no framework focusing primarily on support of the development of new me- thods. In this work we summarized requirements for such framework and with respect to these requirement we implemented such framework. The framework is modular and offers easy implementation of every single part of the visualization pipeline. The framework incorporates an application that provides graphical in- terface for modules' manipulation and presentation of visualization results. For simple utilization of the application without the necessity of implementation of one's own module, several visualization methods have been implemented. These visualization methods were employed in experimental evaluation on both real and artificial datasets 1