Využití biočipové analýzy DNA k detekci mutací souvisejících s kolorektálním karcinomem

Abstract

Kolorektální karcinom je jedním z nejčastějších nádorových onemocnění vůbec. Pokud se toto závažné onemocnění diagnostikuje včas, je šance na minimálně pětileté přežití velmi vysoká. Běžné metody screeningu a diagnostiky jsou sice poměrně jednoduché i relativně úspěšné, ale přesto nejsou dokonalé - pro samotnou diagnostiku je dosud nutné invazivní vyšetření. Je všeobecná snaha postupy screeningu a diagnostiky pro pacienty ulehčovat a zároveň zpřesňovat. Zde je velká naděje na využití metod molekulární genetiky a biologie včetně biočipových metod. V rámci této diplomové práce byla vyzkoušena možnost optimalizace biočipové metody, původně výrobcem vyvinuté pro zpracování DNA získané ze stolice, pro vzorky genomové DNA z bílých krvinek s cílem zachytit přítomnost případných mutací ve čtyřech cílových genech (K-ras, BRAF, TP53 a APC) s důležitým vztahem k nádoru. Vyhodnocení všech vzorků proběhlo na biočipovém analyzátoru evidence investigatorTM. V diplomové práci jsou shrnuty teoretické poznatky z biologické, klinické i technické stránky věci. Je popsána tato biočipová metoda s ukázkou konkrétního postupu, s uvedením výsledků a s jejich zpracováním i s připojeným komentářem. V souhrnu lze konstatovat, že použitá metoda je relativně náročná na nutný čas práce v laboratoři (pro stanovení ze stolice 3 dny, v...

The colorectal cancer is one of the most common tumour diseases of all. If diagnosed at early stage, there is a reasonable chance for at least five-year survival. Common methods for screening and diagnosis are relatively simple and also quite successive, however (still) not perfect - for proper diagnosis an invasive procedure is necessary. In general there is a significant effort to make the procedures of screening and diagnosis more comfortable for patients as well (to make them) more precise - which means that there is great chance for employing methods of molecular genetics and biology including biochip methods. The purpose of this final-year thesis was to test the possibility of the optimization of this biochip method, originally developed by the manufacturer for ~ 6 ~ testing DNA extracted from faeces, for samples of genomic DNA extracted from white blood cells with the objective to detect possible mutations in four genes of the interest (K-ras, BRAF, TP53 and APC) with a strong relation to this cancer. The evaluation of samples was made on a biochip analyzer Evidence Investigator TM. In the final -year thesis is a summary of theoretical evidence in biological, clinical and also technical side of this affair. The biochip method is described together with an example of the actual procedure, presentation...