Identification and characterization of transcription facotrs affecting late stages of male gametophyte development in Arabidopsis thaliana

Abstract

Záver Moja dizertačná práca bola venovaná zvýšeniu poznatkov o fungovaní komplexnej regulačnej siete transkripčných faktorov v samčom gametofyte Arabidopsis thaliana. Transkripčné faktory sú riadiacou jednotkou mnohých významných zmien nielen v rastlinnom organizme a sú zodpovedné za ich správny časový a priestorový priebeh. Ich odhalenie vrátane ich podrobnej funkčnej charakterizácie je dôležitou súčasťou nášho poznania. Okrem vyššie spomenutej snahy, ďalšou úlohou dizertačnej práce bolo vytvorenie inovatívneho konceptu prezentácie a hodnotenia dostupných expresných dát pochádzajúcich z DNA microarray čipov a prevedenie tohto prístupu do praxe vo forme on-line databázy a hodnotiacich nástrojov pre tieto expresné dáta. Výsledky mojej dizertačnej práce je možné zhrnúť do následujúcich bodov: 1. Bola vytvorená on-line sprístupnená databáza nazvaná Arabidopsis Gene Family Profiler (arabidopsisGFP, http://agfp.ueb.cas.cz/). Táto databáza vznikla za účelom poskytnutia nového nástroja pre prezentáciu transkriptomických dát, ktorý umožní užívateľovi rýchly a intuitívny spôsob ich zobrazenia pomocou virtuálnej rastliny. Virtuálna rastlina využíva inovatívny koncept "od jednoduchému k zložitému", ale zároveň ponúka užívateľovi aj tradičné možnosti zobrazenia expresných dát. Naša databáza može slúžiť ako referenčná...

Conclusions My thesis was devoted to the investigation of a complex regulatory network of transcription factors in the Arabidopsis thaliana male gametophyte. In addition to the abovementioned objective, the second aim of the thesis was the creation of a web-based transcriptome database and data mining tool characterized by an innovative concept of presentation and evaluation of the data from DNA chips. The results of my thesis can be summarized as follows: 1. We created a database called Arabidopsis Gene Family Profiler (arabidopsisGFP) (http://agfp.ueb.cas.cz/) which was made available on-line. This database was developed in order to provide a new tool for presentation of gene expression data (transcriptome), allowing the user to display the data in a quick and intuitive way using the innovative and when launched also unique concept of a virtual plant. The database employs a progressive idea "from simple to complex", but also provides the user with more traditional data presenting options. The aGFP database can serve as a reference manual for the expression of individual genes and gene families in Arabidopsis thaliana under physiological conditions at different phases of the life cycle and in individual organs and tissues or cell types. 2. A chapter reviewing available servers for deposition of the...