Molekulárně-biologická charakterizace M viru bramboru a viru svinutky bramboru

Abstract

Diplomová práce má tři hlavní cíle: 1. Sekvenční analýza M viru bramboru (PVM) českého izolátu VIRUBRA 4/009 a fylogenetická analýza izolátů PVM 2. Bakteriální exprese rekombinantního pohybového proteinu TGB1 PVM českého izolátu VIRUBRA 4/007 3. Příprava binárního vektoru pGREEN-0029 s expresní kazetou kapsidového proteinu viru svinutky bramboru (PLRV) a jeho transformace do bakterie Agrobacterium tumefaciens V teoretické části je popsáno taxonomické zařazení, morfologie, struktura genomu a způsob přenosu PVM a PLRV. Dále je popsána bakteriální exprese rekombinantních proteinů, principy uplatňující se při tvorbě transgenních rostlin rezistentních k virům a transgenoze prostřednictvím Agrobacterium tumefaciens. Empirická část zahrnuje metody práce s DNA (např. immuno-capture, reverzní transkripce, polymerázová řetězová reakce, TA klonování) a metody práce s proteiny (např. ELISA, SDS-PAGE, Western blot). Sekvenční analýzou byly získány úplné nukleotidové sekvence čtecích rámců pro pohybové proteiny (TGB1, TGB2 a TGB3), kapsidový protein a "NA-binding" protein PVM izolátu VIRUBRA 4/009. Fylogenetickou analýzou kapsidových proteinů izolátů PVM bylo zjištěno, že izolát VIRUBRA 4/009, jako jediný z evropských a asijských izolátů, patří společně s americkými izoláty do jedné evoluční skupiny....

The main aims of diploma thesis were: 1) The sequence analysis of the Czech isolate of Potato virus M (PVM) VIRUBRA 4/009 and phylogenetic analysis of PVM coat proteins sequences 2) The bacterial expression of recombinant triple gene block protein 1 (TGB1) of PVM derived from the Czech isolate VIRUBRA 4/007 3) The construction of expression cassette of Potato leafroll virus (PLRV) coat protein and its transformation into A. tumefaciens for transgenic PLRV resistant plant formation In theoretical part of the thesis the taxonomic classification, morphology, genomic structure and virus transmission are discussed. Furthermore, the main rules concerning the bacterial expression of recombinant proteins and construction of transgenic plants using A. tumefaciens are described. Methodical part is devoted to description of generally used molecular biological and immunochemical methods. The following results were obtained in the thesis: The complete nucleotide sequences of open reading frames coding for three movement proteins (Triple gene block -TGB), coat protein and NA-binding protein of PVM isolate VIRUBRA 4/009; phylogenetic analysis was performed; the TGB1 protein was expressed in bacterial cells and will be used for polyclonal antibodies raising. Finally, the expression cassette containing the PLRV...