Processing of secondary structures in nucleic acids
Processing of secondary structures in nucleic acids
bakalářská práce (OBHÁJENO)
Zobrazit/ otevřít
Trvalý odkaz
http://hdl.handle.net/20.500.11956/26832Identifikátory
SIS: 46954
Kolekce
- Kvalifikační práce [10932]
Autor
Vedoucí práce
Oponent práce
Kukačka, Marek
Fakulta / součást
Matematicko-fyzikální fakulta
Obor
Obecná informatika
Katedra / ústav / klinika
Katedra softwarového inženýrství
Datum obhajoby
14. 9. 2009
Nakladatel
Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakultaJazyk
Angličtina
Známka
Dobře
Předložená práce se zabývá studiem základních metod v bioinformatice - v novém a perspektivním odvětví informatiky. Vysvětluje vlastní pojmem bioinformatika, seznamuje s nutnými biologickými základy (molekuly DNA, RNA, proteiny, centrální dogma molekulární biologie) a se základními bioinformatickými pojmy (biologická sekvence a její primární a sekunární struktura). Dále demonstruje implementaci základních bioinformatických algoritmů a jejich použití na reálných datech (na viru slintavky a kulhavky) - vyhledávání motivů, nejdelší společná podsekvence a alignment sekvencí. Práce také seznamuje s vyššími strukturami, především pak se sekundární strukturou RNA.
This work explores and studies basic methods of bioinformatics - new and perspective branch of computer science. Introduces the term Bioinformatics, familiarizes with necessary biological background (DNA and RNA molecules, proteins, central dogma of molecular biology) and also with basic bioinformatics terms (biological sequence, primary and secondary structure). It also demonstrates the implementation of basic bioinformatics algorithms and their use with real data (on Foot-and-mouth disease virus) - motif finding, longest common subsequence and sequence alignment. This work also introduces higher structures of biological sequences, primarily with secondary structure of RNA molecule.