Studování příčin rezistence a identifikace bakteriálních izolátů pomocí širokého spektra laboratorních metod

Abstract

Karlova Univerzita v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmakologie a toxikologie Student: Jan Bavlovič Školitelé: PharmDr. Lukáš Červený, Ph.D. Prof. Doutora Luísa Peixe Konzultanti: Doutora Ângela Novais Doutora Ana Freitas Název diplomové práce: Charakterizace multirezistentních izolátů Klebsiella pneumoniae a Enterococcus faecium spektroskopickými a genotypickými metodami Stále se zvyšující antimikrobiální rezistence je v současné době celosvětovým problémem. Mezi významné metody charakterizace antimikrobiální rezistence patří tradičně genomické postupy. Cílem této studie bylo zhodnotit potenciál metody Fourier transform infrared spectroscopy se zeslabeným kompletním odrazem (FTIR-ATR) pro identifikaci multirezistentních karbapenemasu produkujících K. pneumoniae a E. faecium izolátů. Analyzovali jsme 20 klinických K. pneumoniae izolátů získaných z různých laboratoří v Portugalsku v období od března 2014 do září 2015 a 143 dříve popsané vankomycin-rezistentní E. faecium izoláty získaných od lidí, zvířat a životního prostředí v 26 zemích mezi lety 1992 a 2015. Izoláty byly primárně charakterizovány genotypovými metodami, včetně testování antimikrobiální citlivosti, detekce karbapenemáz a betalaktamáz s rozšířeným spektrem (ESBLs), identifikace odolnosti vůči antibiotikům...

Charles University in Prague Faculty of Pharmacy Hradec Králové Department of Pharmacology and Toxicology Student: Jan Bavlovič Supervisors: PharmDr. Lukáš Červený, Ph.D. Prof. Doutora Luísa Peixe Co-advisors: Doutora Ângela Novais Doutora Ana Freitas Title: Characterisation of multidrug resistant Klebsiella pneumoniae and Enterococcus faecium isolates by spectroscopic and genotypic methods. Ever increasing antimicrobial resistance is currently a worldwide problem, traditionally addressed by DNA-based approaches. This study aimed to evaluate the potential of Fourier transform infrared spectroscopy with attenuated total reflectance (FTIR-ATR) for the characterization of multidrug resistant carbapenemase-producing K. pneumoniae and E. faecium isolates. We analysed 20 clinical K. pneumoniae isolates obtained from different community laboratories from Portugal between March 2014 and September 2015 and 143 previously characterized vancomycin-resistant E. faecium isolates obtained from humans, animals, and the environment in 26 countries between 1992 and 2015. Isolates were primarily characterized by genotypic methods including antimicrobial susceptibility testing, detection of carbapenemases and extended-spectrum β-lactamases (ESBLs), identification of antibiotic resistance coding transposons (Tn) and...