Molekulárně-dynamické simulace komplexů sestávajících z proteinů a nukleových kyselin
Molecular dynamics simulations of complexes consisting of proteins and nucleic acids
diplomová práce (OBHÁJENO)

Zobrazit/ otevřít
Trvalý odkaz
http://hdl.handle.net/20.500.11956/21120Identifikátory
SIS: 48354
Kolekce
- Kvalifikační práce [11325]
Autor
Vedoucí práce
Oponent práce
Jungwirth, Pavel
Fakulta / součást
Matematicko-fyzikální fakulta
Obor
Matematické a počítačové modelování ve fyzice a technice
Katedra / ústav / klinika
Fyzikální ústav UK
Datum obhajoby
20. 5. 2009
Nakladatel
Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakultaJazyk
Čeština
Známka
Výborně
V rámci diplomová práce byly prostudovány algoritmy numerické integrace. Poté byla provedena důkladná studie aktivních míst polymeras virů HCV a HIV v komplexech s přirozeným substrátem a komplexem, ve kterém byl přistupující nukleosidtrifosfát nahrazen inhibitorem (S)-HMPMGpp resp. (S)-HMPMApp. Následně byla použita metoda ABF pro získání profilů volné energie pro přechod vody a methanu přes rozhraní vody a vakua. Stejná metoda byla na závěr použita pro získání profilu volné energie pro průchod vody, methanu a guanosinu skrz lipidovou dvouvrstvu.
At first, numerical integration algorithms was studied. Main objective was a study of active sites of HCV and HIV polymerases in complexes with a natural substrate and in complexes where an approaching nucleosidetriphosphate was replaced with inhibitors (S)-HMPMGpp and (S)-HMPMApp respectively. Further, an ABF method was used to obtain free energy profiles of water and methane molecules passing through a boundary between water and vacuum. Finally, the same method was used to obtain free energy profiles of water, methane and guanosine molecules passing through a lipid bilayer.