Molekulárně-dynamické simulace komplexů sestávajících z proteinů a nukleových kyselin

Abstract

V rámci diplomová práce byly prostudovány algoritmy numerické integrace. Poté byla provedena důkladná studie aktivních míst polymeras virů HCV a HIV v komplexech s přirozeným substrátem a komplexem, ve kterém byl přistupující nukleosidtrifosfát nahrazen inhibitorem (S)-HMPMGpp resp. (S)-HMPMApp. Následně byla použita metoda ABF pro získání profilů volné energie pro přechod vody a methanu přes rozhraní vody a vakua. Stejná metoda byla na závěr použita pro získání profilu volné energie pro průchod vody, methanu a guanosinu skrz lipidovou dvouvrstvu.

At first, numerical integration algorithms was studied. Main objective was a study of active sites of HCV and HIV polymerases in complexes with a natural substrate and in complexes where an approaching nucleosidetriphosphate was replaced with inhibitors (S)-HMPMGpp and (S)-HMPMApp respectively. Further, an ABF method was used to obtain free energy profiles of water and methane molecules passing through a boundary between water and vacuum. Finally, the same method was used to obtain free energy profiles of water, methane and guanosine molecules passing through a lipid bilayer.