Studium bioorthogonální eliminační reakce pro možné aplikace v biologických systémech

Abstract

This bachelor thesis focuses on the study of a Pd-catalyzed depropargylation reaction coupled with subsequent 1,6-elimination for applications in biological systems. The reaction represents a key step in the newly designed Click-or-Release (CoR) module intended for the identification of covalent ligands in complex biological environments. Model CoR substrates containing a propargyl motif and various amine ligands linked through a self- immolative carbamate spacer were prepared. Subsequently, the depropargylation reaction using palladium complexes and a detection method for the released amines based on ion-exchange purification and derivatization with dansyl chloride were optimized. The best results were achieved with Pd(OAc)2 in an aqueous environment, where the release of amine ligands reached yields of up to 71%. The obtained results confirm the functionality of the proposed CoR module for potential applications in chemical biology and screening.

Tato bakalářská práce se zabývá studiem Pd-katalyzované depropargylační reakce spojené s následnou 1,6-eliminací pro aplikace v biologických systémech. Reakce představuje klíčový krok nově navrženého modulu "Click-or-Release" (CoR), určeného pro identifikaci kovalentních ligandů v komplexním biologickém prostředí. Byly připraveny modelové CoR substráty obsahující propargylový motiv a různé aminové ligandy navázané prostřednictvím samorozpadajícího se karbamátu. Následně byla optimalizována depropargylace pomocí palladiových komplexů a metoda detekce uvolněných aminů využívající iontoměničovou purifikaci a derivatizaci dansylchloridem. Nejlepších výsledků bylo dosaženo s Pd(OAc)2 ve vodném prostředí, kdy uvolnění aminových ligandů dosahovalo výtěžků až 71 %. Výsledky potvrzují funkčnost navrženého CoR modulu pro možné aplikace v chemické biologii a screeningu.