Cytokine Drivers of Thymic Dendritic Cell Lineages

Abstract

Schopnost spustit efektivní imunitní odpověď bez vyvolání autoimunity je kritická pro přežití a je zajištěna ustavením "centrální tolerance" u vyvíjejících se T lymfocytů v thymu. To závisí na pestrosti antigenů prezentovaných thymickými antigen-prezentujícími buňkami (APC) vyvíjejícím se thymocytům; cytokinové prostředí v thymu přitom formuje jejich kapacitu prezentovat antigeny. Interferony (IFN) I. a III. typu pohánějí home- ostatické zrání konvenčních dendritických buněk 1. typu (cDC1) a cytokiny II. typu působí na konvenční dendritické buňky 2. typu (cDC2); obojí je v zásadě přijímáno, byť skrovně charakterizováno. Cytokiny řídící nedávno navrženou vývojovou osu propojující plazmacytoidní dendritické buňky (pDC) a tranzitní dendritické buňky (tDCs) s cDC2 navíc zůstávají neznámé. V předložené práci je použita inference pseudočasu ke kvantifikaci transkripční progrese v těchto třech liniích, ve dvou integrovaných scRNA-seq (single-cell RNA sekvenování) datasetech. Nástroje Slingshot a Monocle 3 jsou použity nezávisle a kombinovány do konsenzuálního žebříčku dynamických genů, oproti němuž jsou na obohacení testovány cytokinové odpovědní signatury z Immune Dictionary - nedávné publikace profilující více než 17 imunitních buněčných typů stimulovaných 86 cytokiny na úrovni jednotlivých buněk....