Pokroky v celogenomovém sekvenování obojživelníků

Abstract

This thesis focuses on complex amphibian genomes and tracks current advances in their sequencing. The goal of the thesis is to describe modern methodological approaches used for whole-genome sequencing in amphibians and to define the main biological and technical challenges that these genomes represent, based on a literature review. The thesis describes characteristic traits of amphibian genomes, examines a wide spectrum of sequencing methods and critically evaluates the advantages and limits of their application. Special attention is also given to the need to integrate genomics with traditional cytogenetic approaches to obtain new biological findings on amphibians. The synthesis of available data points out that despite technological advances, amphibians remain one of the most challenging groups for whole- genome analysis, highlighting the need for further research and methodological development in this field. Keywords: genome assembly, cytogenetics, repetitive sequences, polyploidy, sex chromosomes

Tato bakalářská práce se zabývá komplexními genomy obojživelníků a mapuje aktuální pokroky v jejich sekvenování. Cílem práce je na základě literární rešerše popsat moderní metodické přístupy užívané pro celogenomová sekvenování obojživelníků a definovat hlavní biologická a technická úskalí, která tyto extrémně rozsáhlé genomy představují. Práce popisuje charakteristické rysy genomů obojživelníků, rozebírá široké spektrum sekvenačních metod a kriticky hodnotí výhody a limity spojené s jejich aplikací. Zvláštní pozornost je také věnována nezbytnosti integrace genomiky s klasickými cytogenetickými přístupy pro získání ucelených biologických poznatků o obojživelnících. Syntéza dostupných dat poukazuje, že i přes technologický pokrok zůstávají obojživelníci jednou z nejnáročnějších skupin pro celogenomovou analýzu a naznačuje potřebu dalšího výzkumu a metodického rozvoje v této oblasti. Klíčová slova: sestavování genomu, cytogenetika, repetitivní sekvence, polyploidie, pohlavní chromozomy