Identifikace molekulárních biomarkerů prognózy a predikce léčebné odpovědi na základě analýzy transkriptomu u pacientek s gynekologickými nádory

Abstract

Endometrial cancer is one of the most common gynecological malignancies; however, despite early diagnosis, some patients experience disease recurrence or the development of aggressive forms associated with a poorer prognosis. Molecular characterization of tumors is important for a better understanding of the tumor's biological behavior and for choosing the appropriate treatment. Molecular characterization of tumors is also important for identifying biomarkers that have prognostic or predictive significance. Transcriptome analysis allows for the detection of complex changes in the expression of genes and regulatory RNA molecules involved in tumor transformation and response to treatment. The main goal of this thesis was to analyze the transcriptome in patients with endometrial cancer and to identify new molecular biomarkers in relation to the patients' clinical data. Tumor tissue samples from patients with endometrial cancer were used for the analysis, and the expression of selected genes was determined using next-generation RNA sequencing. Based on a comparison of the expression profile with clinical-pathological data, candidate genes were identified for the following validation study. The selected candidate genes were further validated using quantitative real-time PCR in an expanded cohort of...

Karcinom endometria patří mezi nejčastější gynekologické malignity, přičemž u části pacientek dochází i přes časnou diagnostiku k relapsu onemocnění nebo k rozvoji agresivních forem spojených s horší prognózou. Pro lepší pochopení biologického chování nádoru a pro zvolení vhodné léčby je důležitá molekulární charakterizace nádorů. Molekulární charakterizace nádorů je důležitá též k identifikaci biomarkerů, které mají prognostický, či prediktivní význam. Analýza transkriptomu umožňuje zachytit komplexní změny v expresi genů a regulačních RNA molekul, které se podílejí na nádorové transformaci a odpovědi na léčbu. Hlavním cílem této diplomové práce bylo analyzovat transkriptom u pacientek s karcinomem endometria a identifikovat nové molekulární biomarkery vzhledem ke klinickým datům pacientek. K analýze byly využity vzorky nádorové tkáně pacientek s karcinomem endometria, u nichž byla pomocí RNA sekvenování stanovena exprese vybraných genů. Na základě porovnání expresního profilu s klinicko-patologickými daty byly identifikovány kandidátní geny pro následující validační studii. Vybrané kandidátní geny byly dále validovány pomocí kvantitativní real-time PCR v rozšířené kohortě pacientek a analyzovány ve vztahu ke klinicko- patologickým datům pacientek, stejně jako v případě první části studie. V...