Mutational and Immune Cell Landscape in Gastrointestinal Cancers

Abstract

Kolorektální karcinom (CRC) zůstává jednou z hlavních příčin úmrtí souvisejících s nádorovými onemocněními na celém světě. Navzdory rozsáhlému genomickému výzkumu se v klinické praxi rutinně používá velmi omezený počet molekulárních markerů, protože stále nedokážeme plně porozumět komplexní povaze karcinogeneze CRC. Zejména nám chybí rozklíčovat biologické mechanism vedoucí k šíření a tvorbě metastáz. Metastázy se mohou objevit buď synchronně (v době stanovení primární diagnózy), nebo metachronně (s časovým odstupem po odstranění primárního nádoru). Cílem této práce bylo prozkoumat genomické a mikroenvironmentální rozdíly mezi pacienty s CRC se synchronními a metachronními jaterními metastázami integrací dat z celoexomového sekvenování (se zvláštním zaměřením na analýzu nádorové mutační zátěže - TMB - a specifických mutací driver genů TP53 a APC) s délkou telomer (TL) a infiltrací imunitních buněk. Párové vzorky primárních kolorektálních nádorů a odpovídajících jaterních metastáz z institucionálních archivů byly podrobeny celoexomovému sekvenování. Celkem bylo analyzováno 210 nádorových vzorků za účelem zhodnocení frekvence mutací, změn počtu kopií (copy number variations), mutačních signatur a specifických alterací v klíčových driver genech. TMB byla vypočtena jako počet nesynonymních somatických...