Unraveling the Molecular Complexity of Carbapenem Resistance: Emerging Mechanisms in Enterobacterales and Pseudomonas aeruginosa

Abstract

Karbapenem-rezistentní Enterobacterales (CRE) a karbapenem-rezistentní Pseudomonas aeruginosa (CRPA) se celosvětově stávají stále závažnější zdravotnickou hrozbou. Tato situace je potencována přenosem genů rezistence ke karbapenemům a mcr genů zprostředkovaných plazmidy a chromozomem, což zvyšuje rezistenci vůči antibiotikům poslední volby - karbapenemům nebo kolistinu. Tato hrozba je eskalována častým nozokomiálním šířením těchto multirezistentních izolátů. Tato disertační práce zkoumá genomické a epidemiologické vlastnosti, stejně jako mechanismy rezistence, karbapenemové rezistence u enterobakterií a P. aeruginosa, se zvláštním zaměřením na klonální šíření a horizontální přenos genů v České republice. Klinické izoláty ve čtyřech studiích byly získány během šetření outbreaků nebo jako součást nemocničních surveillance monitoringu rezistentence. Bakteriální izoláty byly identifikovány pomocí MALDI-TOF MS. Minimální inhibiční koncentrace (MIC) karbapenemů, ceftazidim-avibaktamu a kolistinu byly stanoveny mikrodiluční bujónovou metodou podle aktuálních kritérií EUCAST. Rezistenční geny byly detekovány konvenční PCR. Aby se vyšetřila detailní charakterizace rezistenčních determinantů, plazmidů a míst chromosomálních mutací, se vybrané izoláty podrobily celogenomovému sekvenování (WGS). Nejprve byly...