Metabarcoding střevních protist bobra evropského

Abstract

Protists represent a diverse but poorly understood component of gut microbial communities. Despite growing interest in gut microbiota, little is known about the diversity of intestinal protists in wild mammals. In this study, we applied 18S rRNA gene metabarcoding to investigate the intestinal eukaryotic communities of Eurasian beavers (Castor fiber) from two Czech populations in Šumava and Šluknovsko regions. A total of 40 fecal samples were analyzed using Illumina MiSeq sequencing targeting the V4 region of the 18S rRNA gene. To capture broad eukaryotic diversity, one universal primer set was applied to each individual sample, along with four group-specific primer sets targeting Archamoebae, Metamonada (two sets), and Microsporidia. Bioinformatic processing of raw reads was performed using DADA2, and the resulting amplicon sequence variants (ASVs) were taxonomically classified using the PR2 database. To simplify biological interpretation and distinguish taxa of interest from unrelated or contaminant organisms, ASVs were grouped into a total of seven categories, such as Host, Food, Contamination, etc. The category Eukaryome was dominated by Metamonada, with additional ASVs affiliated with Blastocystis, Colpodellida, and Eimeria. Functionally relevant ASVs potentially associated with the digestion...

Protista představují rozmanitou, ale dosud nedostatečně prozkoumanou složku střevních mikrobiálních společenstev. Navzdory rostoucímu zájmu o střevní mikrobiotu máme stále jen omezené poznatky o diverzitě střevních protist u volně žijících savců. V této studii jsme pomocí metabarkódování genu pro 18S rRNA analyzovali střevní eukaryotní společenstva bobrů evropských (Castor fiber) ze dvou populací v České republice - na Šumavě a na Šluknovsku. Celkem bylo analyzováno 40 vzorků trusu pomocí sekvenování amplikonů V4 oblasti genu 18S rRNA platformou Illumina MiSeq. Pro zachycení široké diverzity eukaryot jsme použili univerzální sadu primerů pro vzorek z každého jedince, kterou jsme doplnili o čtyři skupinově specifické sady primerů cílené na Archamoebae, Metamonada (2 sady) a Microsporidia. Bioinformatické zpracování bylo provedeno pomocí nástroje DADA2 a výsledné varianty amplikonových sekvencí (ASV) byly klasifikovány pomocí PR2 databáze. Pro zjednodušení biologické interpretace a oddělení cílových taxonů od nerelevantních nebo kontaminujících organismů byly ASV seskupeny do sedmi kategorií, například Hostitel, Potrava, Kontaminace apod. V kategorii Eukaryom dominovali zástupci skupiny Metamonada, další ASV náležely k taxonům Blastocystis, Colpodellida a Eimeria. Funkčně významné ASV potenciálně...