Počítačové modelování membránových GPC receptorů
Computational Modeling of Membrane GPC receptors
bachelor thesis (DEFENDED)
View/
Permanent link
http://hdl.handle.net/20.500.11956/206536Identifiers
Study Information System: 282987
Collections
- Kvalifikační práce [12042]
Faculty / Institute
Faculty of Mathematics and Physics
Discipline
Physics
Department
Institute of Physics of Charles University
Date of defense
9. 9. 2025
Publisher
Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakultaLanguage
Czech
Grade
Excellent
Keywords (Czech)
molekulární dynamika|volná energie|protein|ligandKeywords (English)
molecular dynamics|free energy|protein|ligandV rámci řešení bakalářské práce byla aplikována řada softwarových balíků (VMD, NAMD, BFEE2, AutoGrow 4, Boltz 2) na modelový systém A2A GPCR. S využitím hardwarových prostředků superpočítačového MetaCentra byla kvantifikována vazebná volná energie kofeinu. Byly přitom použity dva diametrálně odlišné přístupy (geometrická a alchymistická cesta), které vedly ke stejnému výsledku, který velmi dobře koresponduje s experimentální hodnotou.
In the bachelor's thesis, a number of software packages (VMD, NAMD, BFEE2, AutoGrow 4, Boltz 2) were applied to the A2A GPCR model system. Using the hardware resources of the supercomputer MetaCentrum, the binding free energy of caffeine was quantified. Two diametrically different approaches (geometric and alchemical paths) were employed, yielding the same result that corresponds very well with the experimental value.