Uncovering the mechanism of action of novel tumor suppressors

Abstract

(EN) RNA-binding proteins (RBPs) are emerging as important regulators of tumorigenesis due to their role in post-transcrip琀椀onal gene regula琀椀on. A2BP1, also known as RBFOX1, is a well-characterised regulator of alterna琀椀ve splicing, par琀椀cularly in the development of neuronal and muscle 琀椀ssues. Recent studies suggest that A2BP1 may possess tumor suppressive proper琀椀es in glioblastoma. In this thesis, we inves琀椀gate whether A2BP1 is a tumor suppressor in breast cancer. Our objec琀椀ve is to iden琀椀fy the genes and pathways in昀氀uenced by A2BP1 expression, which led to cancer cell death. We used permanent breast cancer cell lines with A2BP1 inducible expression and implemented western blo琀�ng, 昀氀ow cytometry, cell coun琀椀ng, prolifera琀椀on and RNA sequencing in this thesis. We found that A2BP1 endogenous levels are lower in permanent breast cancer cell lines compared to healthy cells. Overexpression of A2BP1 decreases breast cancer cell prolifera琀椀on, promotes apoptosis, supports cell cycle arrest, and downregulates oncogenic signalling pathways. By muta琀椀on of the RRM domain of A2BP1, we proved that RNA binding and, therefore, alterna琀椀ve splicing are necessary for its tumor suppressive e昀昀ect. All these 昀椀ndings support our hypothesis that A2BP1 is a tumor suppressor in breast cancer. This research...

(CZ) RNA-vazebné proteiny (RVP) se ukazují jako důleži琀 regulátoři nádorové transformace, a to díky své roli v regulaci genové exprese. A2BP1, známý také jako RBFOX1, známý regulátor alterna琀椀vního sestřihu, zejména pro vývoj nervové a svalové tkáně. Nedávné studie naznačují, že A2BP1 může mít nádorově supresorové vlastnos琀椀 u glioblastomu. V této diplomové práci zkoumáme, zda A2BP1 působí jako nádorový supresor také u karcinomu prsu. Naším cílem je iden琀椀昀椀kovat geny a signální dráhy ovlivněné expresí A2BP1, které vedou k buněčné smr琀椀 nádorových buněk. Využili jsme permanentní buněčné linie karcinomu prsu s indukovatelnou expresí A2BP1 a v rámci práce jsme aplikovali metody jako western blot, průtoková cytometrie, proliferační křivky pomocí počítání buněk a RNA sekvenování. Zjis琀椀li jsme, že endogenní hladina A2BP1 je v permanentních liniích karcinomu prsu nižší než ve zdravých buňkách. Zvýšená exprese A2BP1 snižuje proliferaci nádorových buněk, podporuje apoptózu, podporuje zastavení buněčného cyklu a snižuje ak琀椀vitu onkogenních signálních drah. Pomocí mutace RRM domény A2BP1 jsme prokázali, že jeho nádorově supresivní účinky jsou závislé na vazbě RNA, a na regulaci alterna琀椀vního sestřihu. Všechny tyto výsledky podporují naši hypotézu, že A2BP1 je nádorový supresor u karcinomu prsu. Tento...