Změny mikrobioty obratlovců mezi jedinci ve volné přírodě a v zajetí

Abstract

Ex-situ breeding plays a key role in the conservation of endangered species. However, conditions in human care alter the composition of the microbiome, which is essential for animal health and adaptation. This thesis focuses on analysing key environmental factors that shape the microbiota of vertebrates in captivity. The most significant drivers are diet and the environment; while diet provides a substrate for gut bacteria, the environment is a critical reservoir of microbes for skin microbiota. Other factors, such as stress and medication, often act synergistically. Changes in the microbiota are characterized by altered diversity and the loss of key microbes compared to wild populations. While these shifts can lead to health complications, they may also represent functional adaptations to new conditions. This thesis emphasises the importance of evaluating microbiome interventions within the context of specific husbandry systems. For individuals intended for reintroduction, it is crucial to support a "functional golden mean" of the microbiota to enhance their chances of successful integration into natural environments. A key finding is that current research often lacks a holistic and long-term perspective. To better understand the drivers of microbiome change, it is essential to monitor microbial...

Ex situ chovy hrají klíčovou roli v ochraně ohrožených druhů. Pobyt v lidské péči však mění složení mikrobiomu, který je zásadní pro zdraví a adaptaci zvířat. Tato práce popisuje hlavní environmentální faktory ovlivňující mikrobiotu obratlovců v zajetí. Nejvýznamnějšími hybateli jsou strava a prostředí; zatímco strava poskytuje substrát střevním bakteriím, prostředí je rezervoárem mikrobů kritickým pro kožní mikrobiotu. Ostatní faktory jako stres a medikace často působí synergicky. Změny v mikrobiotě se projevují odlišnou diverzitou a ztrátou klíčových mikrobů oproti volně žijícím populacím. Ačkoliv mohou vést ke zdravotním komplikacím, v některých případech mohou představovat i funkční adaptaci na nové podmínky. Práce zdůrazňuje nutnost posuzovat intervence v kontextu chovu. U jedinců určených k reintrodukci je klíčové podporovat tzv. "funkční zlatý střed" mikrobioty, který zvyšuje jejich šance na úspěšné začlenění do přírody. Klíčovým zjištěním je, že současný výzkum často postrádá holistický a dlouhodobý přístup. Pro hlubší porozumění příčinám změn v mikrobiomu je nezbytné sledovat mikrobiotu ve spojení s co nejširším spektrem environmentálních a behaviorálních dat, což má velký potenciál pro optimalizaci chovných protokolů. Klíčová slova: Chov v zajetí, střevní mikrobiota, kožní mikrobiota,...