Mezidruhová hybridizace u zástupců série Viridinutantes rodu Aspergillus

Abstract

This thesis focuses on representatives of the genus Aspergillus series Viridinutantes, specifically A. udagawae, A. pseudoviridinutans, A. wyomingensis, and A. felis. These are opportunistic pathogenic species closely related to A. fumigatus, the most common agent of infectious aspergillosis. Previous studies have shown that these species are capable of interspecific hybridization. Recently, the allodiploid nature of Aspergillus latus was described from clinical isolates, which had not been recognized in earlier species description. A. latus was also often misidentified using standard identification methods, highlighting both the importance of and the insufficient understanding of interspecific hybridization within the genus Aspergillus. Out of 49 performed crosses, 4 were acquired and confirmed to be hybrid strains - one haploid and the other three aneuploid. The genomes of in vitro created hybrids were sequenced using the Oxford Nanopore platform and their phylogenomic placement was tested against a dataset of strains belonging to the series Viridinutantes. The haploid hybrid strain and one aneuploid strain were subsequently compared in terms of genomic synteny. Furthermore, morphological analysis of crossed strains is included. During the thesis, fundamental methods for studying interspecific...

Práce je zaměřena na zástupce rodu Aspergillus série Viridinutantes, konkrétně A. udagawae, A. pseudoviridinutans, A. wyomingensis a A. felis. Jedná se o oportunně patogenní druhy blízce příbuzné nejčastějšímu původci infekční aspergilózy, druhu A. fumigatus. Z dřívějších prací vyplívá, že tyto druhy jsou schopny mezidruhové hybridizace. Z klinických izolátů byl v nedávné době popsán allodiploidní charakter druhu Aspergillus latus, který nebyl rozeznán při dřívějším popisu. A. latus byl zároveň na základě standardních určovacích metod opětovně chybně identifikován, což poukazuje na význam a nedostatečnou znalost mezidruhové hybridizace v rámci rodu Aspergillus. Z 49 provedených křížení byly získány 4 prokazatelně hybridní kmeny, z nichž jeden je haploidní a zbylé tři jsou aneuploidní. Genomy in vitro vytvořených hybridních kmenů byly sekvenovány na platformě Oxford Nanopore a porovnány s genomy zástupců ze série Viridinutantes z hlediska fylogenomického postavení. Haploidní a jeden aneuploidní kmen byly srovnány se svými rodiči z hlediska genomové syntenie. Součástí práce je také morfologické srovnání křížených kmenů. Během diplomové práce byly ověřeny základní postupy pro studium mezidruhové hybridizace v rámci rodu Aspergillus série Viridinutantes, které tvoří dobrý metodický základ pro...