Stanovení minimální reziduální nemoci u neuroblastomu na podkladě vyšetření hladiny mRNA a metylace DNA

Abstract

Neuroblastoma is a malignant embryonal tumor arising from neural crest cells of the sympathetic nervous system. This thesis focuses on its high-risk subgroup (HR-NBL), which is characterized by aggressive disease progression and poor prognosis. Despite intensive multimodal therapy, the five-year overall survival rate remains approximately 60%, and the event- free survival around 50%. One of the key prognostic factors is the presence of minimal residual disease (MRD), defined as a subclinical persistence of tumor cells in the patient's body. MRD may precede clinical relapse, and its early and sufficiently sensitive detection is therefore essential for monitoring disease progression and optimizing therapy. The primary aim of this thesis was to determine mRNA levels of the TH, PHOX2B, CHRNA3, GAP43, and DBH genes using reverse transcription quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR), compare the measured values between individual genes, and identify those with the highest sensitivity and specificity. A secondary objective was to evaluate the potential of detecting RASSF1A gene hypermethylation using digital PCR (dPCR) as a complementary approach for MRD detection. Subsequently, mRNA values from RT-qPCR were compared with RASSF1A methylation levels measured by dPCR to assess whether this marker...

Neuroblastom je maligní embryonální nádor vycházející z buněk nervové lišty sympatického nervového systému. Tato práce se zabývá jeho podskupinou HR-NBL (vysoce rizikový neuroblastom), která se vyznačuje agresivním průběhem onemocnění. Navzdory intenzivní multimodální terapii dosahuje 5leté přežití přibližně 60 % a bezpříhodové přežití kolem 50 %. Významným faktorem v prognóze pacientů je přítomnost MRN (minimální reziduální nemoc), definovaná jako subklinická úroveň onemocnění, kdy přítomnost zbytkových nádorových buněk v těle pacienta může vést k relapsu onemocnění. Včasná a dostatečně citlivá detekce MRN je proto zásadní pro monitorování průběhu onemocnění a případnou optimalizaci terapie. Hlavním cílem diplomové práce bylo stanovit hladiny mRNA genů TH (Tyrosine hydroxylase), PHOX2B (Paired-like homeobox 2B), CHRNA3 (Cholinergic Receptor Nicotinic Alpha 3 Subunit), GAP43 (Growth Associated Protein 43) a DBH (Dopamin beta-hydroxylase) pomocí qPCR (kvantitativní PCR v reálném čase) a identifikovat geny s nejvyšší citlivostí a specifitou pro detekci MRN pacientů s HR-NBL. Dílčím cílem bylo otestovat metodu dPCR (digitální PCR) pro analýzu methylace genu RASSF1A (Ras-associated domain family 1) z cirkulující volné DNA a posoudit její potenciál jako diagnostického nástroje. Výsledky získané pomocí...