Sledování cirkulující volné HPV DNA (cfHPV DNA) u pacientů s dlaždicobuněčným karcinomem orofaryngu

Abstract

Tekutá biopsie využívající analýzu volné cirkulující DNA představuje moderní, neinvazivní diagnostickou metodu, jejíž klinický význam stále roste. Sledování volné cirkulující nádorové DNA se ukazuje jako slibná metoda nejen pro diagnostiku, ale i predikci a prognózu mnoha nádorových onemocnění. Současné výzkumy ukazují, že u dlaždicobuněčného orofaryngeálního karcinomu (OPSCC) asociovaného s infekcí HPV by mohla volná cirkulující papilomavirová DNA (cfHPV DNA) sloužit jako prognostický marker, marker úspěšnosti léčby, a především pak jako spolehlivý časný marker recidivy. V rámci diplomové práce byly analyzovány klinické vzorky od 15 pacientů s OPSCC pozitivním na p16. Analýzou řezů nádorové tkáně fixované ve formalínu a zalité do parafínu byla u 14 pacientů potvrzena aktivní HPV infekce a byla u nich prokázána přítomnost HPV typu 16. Od pacientů byly dále k dispozici vzorky krve, odebrané před začátkem léčby a dále v pravidelných definovaných intervalech během léčby a po léčbě. Všechny odebrané vzorky krve byly zpracovány na krevní plazmu, která byla použita pro izolaci volné cirkulující DNA. Byla provedena optimalizace kapkové digitální PCR, pomocí které byl určen počet kopií cfHPV DNA ve všech vzorcích izolované cfDNA. Byly tak získány informace o změnách v počtu kopií v krvi pacientů během...

Liquid biopsy utilizing the analysis of cell-free DNA represents a modern, non-invasive diagnostic method with growing clinical relevance. Monitoring of circulating tumor DNA has emerged as a promising approach not only for diagnosis but also for the prediction and prognosis of various malignancies. Current research suggests that in HPV-associated oropharyngeal squamous cell carcinoma (OPSCC), circulating free HPV DNA (cfHPV DNA) could serve as a prognostic marker, a marker of treatment success, and, most importantly, as a reliable early marker of recurrence. In this thesis, clinical samples from 15 patients with p16-positive OPSCC were analyzed. Analysis of formalin-fixed, paraffin-embedded tumor tissue sections confirmed active HPV infection in 14 patients, with confirmed presence of HPV type 16. In addition, blood samples, collected before the start of treatment and then at regular predefined intervals, were available from the patients. All blood samples were processed into plasma, which was used for the isolation of cell- free DNA. Droplet digital PCR was optimized and used to quantify cfHPV DNA copy numbers in all isolated cfDNA samples. This provided data about the changes in number of copies in patients' blood during and after treatment. In all 8 patients who had a complete response to...