Význam současného sledování somatických KRAS mutací a mikroRNA exprese pro odhad prognózy a indikaci léčby u pacientů s metastatickým karcinomem tlustého střeva a konečníku

Abstract

Karcinom tlustého střeva a konečníku (CRC) patří celosvětově mezi nejčastější malignity, přičemž u více než poloviny pacientů dochází k rozvoji metastatické formy onemocnění (mCRC). Mutace v genu KRAS patří mezi nejčastější genetické změny u pacientů s CRC a zároveň představují významný prediktivní i prognostický biomarker. MikroRNA (miRNA) jsou nekódující krátké RNA molekuly, které mohou přímo i nepřímo ovlivňovat expresi a funkci KRAS. Hlavním cílem této diplomové práce bylo analyzovat expresi vybraných miRNA v krvi pacientů s mCRC a zhodnotit jejich význam ve vztahu k mutačnímu stavu genu KRAS. Dalším cílem bylo optimalizovat stanovení vybraných mutací genu KRAS v plasmě pomocí digitální PCR (dPCR). Ze vzorků plasmy získaných před zahájením systémové léčby byly stanoveny hladiny miRNA z onkogenního klastru miR-17-92a a tumor supresorové miR-143-3p, včetně hladiny celkové cfDNA. Mutace v genech RAS byly stanoveny z primárního nádoru nebo z metastáz odebraných při resekci v rámci histopatologického vyšetření. V rámci optimalizace reakcí pro stanovení mutací KRAS v plasmě pomocí dPCR byly testovány parametry amplifikace, senzitivity a specificity reakcí. Hladiny klastru miR-17-92a a miR-143 se mezi pacienty s mCRC a kontrolami významně nelišily, zatímco hladina cfDNA byla u pacientů významně vyšší...

Colorectal cancer (CRC) is one of the most common malignancies worldwide, with more than half of patients developing metastatic disease (mCRC). Mutations in the KRAS gene are among the most frequent genetic alterations observed in patients with CRC and represent significant predictive and prognostic biomarkers. MicroRNA (miRNA) are small non-coding RNA molecules that can directly or indirectly regulate the expression and function of KRAS. The main aim of this thesis was to analyze the expression of selected miRNAs in the blood of patients with mCRC and to evaluate their significance in relation to KRAS gene mutational status. Another objective was to optimize the determination of selected KRAS gene mutations in plasma by digital PCR (dPCR). From plasma samples obtained before systemic therapy, miRNA levels of the oncogenic cluster miR-17-92a and tumor suppressor miR-143-3p, including total cfDNA levels, were determined. Mutations in RAS genes were determined from the primary tumor or from metastases collected at resection as part of histopathological examination. The amplification, sensitivity and specificity of the ractions were tested to optimize the dPCR assays for detecting KRAS mutations in plasma. Cluster levels of miR-17-92a and miR-143 were not significantly different between mCRC patients...