Insights into mycobacterial transcription: From HelD-mediated RNA Polymerase recycling to novel transcription factors

Abstract

Transkripce je klíčový proces genové exprese, který vyžaduje koordinovanou interakci DNA dependentní RNA polymerázy (RNAP) s transkripčními faktory. Většina našich poznatků o bakteriální transkripci pochází z detailně studovaných modelových organismů, jako jsou Escherichia coli a Bacillus subtilis. Různé bakteriální druhy využívají specifické transkripční faktory (např.: CarD a RbpA u Actinobacteria), aby optimálně regulovaly genovou expresi. Tato doktorská práce si klade za cíl prozkoumat transkripční aparát Mycobacterium smegmatis s cílem rozšířit současné chápání bakteriální transkripce nad rámec konvenčních modelových systémů. Studie se zaměřuje na čtyři klíčové složky: (a) protein HelD specifický pro mykobakterie (třída II); (b) protein MoaB2, který moduluje primární faktor sigma (σA ); (c) analýza dosud neznámých proteinů interagujících s RNAP; a (d) vliv modifikací templátu DNA na transkripci v E. coli, M. smegmatis a eukaryotických systémech. (a) HelD je protein podobný helikáze, který hraje klíčovou roli při uvolnění RNAP ze zastavených transkripčních komplexů. Pro recyklaci RNAP je nutné, aby byl protein HelD uvolněn z těchto RNAP. Mechanismus jeho uvolňování byl ale neznámý. Na základě poznatků o HelD z B. subtilis (třída I), jsme navrhli mechanismus uvolňování HelD z M. smegmatis...