Fossil record of fungi and its application in phylogenetic dating: Review of studies and methodology

Abstract

The fossil record of fungi has long been perceived as insufficient. At first glance, palaeomycology could be presumed to be a minor field of study, but the opposite is true. The fossil record of fungi can be used as temporal information for calibration of the dated Tree of Life, significantly improving the resulting estimations. Ever since the first attempt to date evolutionary events with molecular data in the 1960s, it has been an effort of many scientists to add a timeline to the molecular Tree of Life. It is the aim of this thesis to describe the current state of these efforts, the academic discussion of its issues and their potential solutions, the misconceptions about the fungal fossil record and the continuing aim to make data and methods regarding the dated Tree of Life accessible and integrated. Lastly, the propositions for future research in this area are presented. Keywords: fossil record, relaxed molecular clock, palaeomycology, fossil calibration points, phylogenetic dating, dating the fungal tree of life

Fosilní záznam hub je historicky opomíjené odvětví mykologie. Paleomykologie je nicméně věda rozvinutější, než by se na první pohled mohlo zdát. Ve spojení s fylogenetickými metodami mohou být houbové fosilie použity jako kalibrační informace, sloužící k upřesnění výstupů datovacích analýz. Dodat stromu života časovou dimenzi je snahou vědců již od šedesátých let minulého století, během kterých probíhaly první pokusy o využití molekulárních dat k odhadnutí stáří evolučních událostí. Cílem této práce je zhodnotit dosavadní vývoj využití fosilního záznamu hub ve fylogenetickém datování. Práce poukazuje na diskuzi týkající se problémů s touto snahou spojených a jejich možných řešení, na klamné představy o úplnosti a výpovědní hodnotě fosilního záznamu hub a na probíhající snahu o integrovanost dat a souvisejících metod. Na závěr práce nabízí některé možnosti pro další výzkum v tomto oboru. Klíčová slova: fosilní záznam, relaxované molekulární hodiny, paleomykologie, fylogenetické datování, fosilní kalibrační body, datování stromu života hub