Využití databáze GlobalFungi pro studium diverzity a rozšíření hub

Abstract

I přes zásadní roli hub ve fungování ekosystémů zůstávají jejich diverzita a rozšíření do značné míry neprozkoumané. Studium hub obecně komplikuje především jejich nenápadnost a náročnost identifikace jednotlivých druhů. Moderní metody jako DNA barcoding a metabarcoding identifikaci druhů hub značně usnadnily. Tyto metody jsou založeny na předpokladu mezidruhové sekvenční variability v standardizovaných oblastech DNA označovaných jako barkódy. Univerzálním barkódem pro houby i přes řadu limitací nadále zůstává oblast ITS. Její sekvence jsou shromažďovány v řadě referenčních databází, mezi které patří např. GenBank, BOLD, UNITE či ISHAM. Rozvoj metabarcodingu hub vedl k vyprodukování obrovského množství dat potenciálně užitečných pro studium diverzity a rozšíření hub. Tato data jsou shromažďována v databázi GlobalFungi, která díky svému webovému uživatelskému rozhraní usnadňuje jejich metaanalýzu. Databáze GlobalFungi byla od svého vzniku využita v řadě studií, z nichž některé jsou podrobněji probírány v této bakalářské práci.

Despite the important role of fungi in ecosystem procceses, their diversity and distribution remain largely unexplored. Fungal research is generally limited by their inconspicuous nature and difficulty of species identification. Modern methods such as DNA barcoding and metabarcoding have made fungal species identificaction significantly easier. These methods are based on the premise of interspecific sequence variability in standardised DNA regions referred to as barcodes. The ITS region has so far remained the universal fungal barcode in spite of its many limitations. Its sequences are gathered in several reference libraries including GenBank, BOLD, UNITE and ISHAM. The development of fungal metabarcoding has led to the production of large amounts of data potentially helpful in studying fungal diversity and distribution. The GlobalFungi database collects these data in order to simplify their meta-analysis through its user interface. GlobalFungi has been used in a number studies, some of which are discussed in more detail in this thesis.