Molecular cytogenetics of selected actinopterygian fishes: insight from repetitive sequences to whole genome analyses
Molekulární cytogenetika paprskoploutvých ryb: od repetitivních sekvencí po analýzu celého genomu
dizertační práce (OBHÁJENO)
Zobrazit/ otevřít
Trvalý odkaz
http://hdl.handle.net/20.500.11956/1988Identifikátory
SIS: 98901
Kolekce
- Kvalifikační práce [20052]
Autor
Vedoucí práce
Konzultant práce
Choleva, Lukáš
Oponent práce
Marec, František
Šťáhlavský, František
Fakulta / součást
Přírodovědecká fakulta
Obor
-
Katedra / ústav / klinika
Katedra zoologie
Datum obhajoby
31. 1. 2017
Nakladatel
Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakultaJazyk
Angličtina
Známka
Prospěl/a
Paprskoploutvé ryby, Actinopterygii, skupina s nejvyšší taxonomickou diverzitou mezi všemi obratlovci, představují v posledním období atraktivní objekt evolučních studií. S pokrokem v oblasti molekulární cytogenetiky a cytogenomiky roste i význam těchto metod ve studiu uspořádání a evoluce rybích genomů jako základu této diverzity. Má dizertační práce se zabývá studiem evoluce genomu vybraných skupin ryb, a to jak bazálních linií parskoploutvých (Lepisosteidae a Amiidae) a kostnatých (Pantodontidae), tak i "vyšších" kostnatých ryb z čeledí Cobitidae a Coregonidae. Využila jsem metody konvenční a molekulární cytogenetiky společně s fylogenetickými a statistickými přístupy. V rámci své dizertační práce popisuji cytogenetickou variabilitu blízce příbuzných druhů síhů (Coregonus), a roli repetitivních úseků genomu v ekologické speciaci. V kontrastu s recentní cytotaxonomickou diverzitou síhů, jsme odhalili relativně dlouhodobou karyotypovou stabilitu ve spojení s asexuálním rozmnožováním u sekavců rodu Cobitis. V další publikaci detailně popisujeme překvapivé uspořádání AT/GC bazí na chromozomech a v genomu kostlínů (Atractosteus a Lepisosteus) a bioinformaticky analyzujeme jejich uspořádání v genomu těchto bazálních paprskoploutvých ryb v kontextu hlavních linií obratlovců. V návaznosti na práci o...
Actinopterygian fishes exhibit the greatest taxonomical diversity of all vertebrates, making this group attractive to address numerous evolutionary questions. The role of molecular cytogenetics and cytogenomics further increase because recent advances in these fields provide more comprehensive view of fish genome organization and evolutionary dynamics, responsible for this amazing diversity. My Thesis investigates the genome organization of selected fish lineages, namely basal lineages of Actinopterygians (Lepisosteidae and Amiidae) and Teleosts (Pantodontidae), together with "modern" fishes Cobitidae and Coregonidae. I have integrated conventional and molecular cytogenetic techniques together with phylogenetic and statistical approaches. Publications included into the Thesis describe e.g. the cytogenetic variability and dynamics in closely related fish species of the genus Coregonus and the impact of repetitive sequences on the ecological speciation. In contrast to the recent cytotaxonomical diversity of Coregonids, we have detected a karyotype stability associated with asexual reproduction in spined loaches of the genus Cobitis. In the subsequent publication, we describe a surprising AT/GC genome organization in gars (Atractosteus and Lepisosteus) and summarize the knowledge of genome...