Studium fekálního mikrobiomu u potkanů exponovaných chronickému chladu

Abstract

Studium fekálního mikrobiomu u potkanů exponovaných chronickému chladu Abstrakt Přizpůsobení organismu na dlouhodobé chladové podmínky je spojeno s adaptacemi na různých úrovních. Účelem této práce byla charakterizace fekálního mikrobiomu potkanů vystavených chronickému chladu. Celkem dvanáct potkanů kmene Wistar bylo ustájeno po dobu 14 dnů při teplotě 9 řC (±1 řC). Vzorky trusu byly odebrány před zahájením pokusu, po jeho ukončení a po dvou týdnech od ukončení pokusu. Během posledního odběru se získaly také vzorky střev, konkrétně části slepého a tlustého střeva. Tyto vzorky byly použity pro izolaci DNA a pomocí sekvenování nové generace (NGS) bylo identifikováno bakteriální složení v různých vzorcích. Následná analýza získaných dat a porovnání vzorků ukázala signifikantní rozdíly ve složení i diverzitě mezi pěti sledovanými skupinami. Porovnání skupin trusu ukázalo v průběhu času signifikantní navýšení relativního zastoupení a poměru kmene Firmicutes vůči Bacteroidetes, navýšení alfa diverzity a beta diverzita prokázala variabilitu mikrobiálního společenstva. Největší změny však byly pozorovatelné až po návratu do pokojové teploty. Srovnání vzorků střev neprokázalo výrazné změny. Naopak při porovnání všech typů vzorků se zjistilo jasné oddělení skupin, především v případě bakteriální diverzity,...

Study of fecal microbiome of rats exposed to chronic cold acclimation Abstract The adaptation of the organism to long-term cold conditions is associated with adaptations at different levels. The purpose of this work was the characterization of the faecal microbiome of rats exposed to chronic cold. Twelve Wistar rats were housed for 14 days at 9 řC (±1 řC). Faecal samples were taken before the start of the experiment, after its completion and two weeks after the end of the experiment. During the last sampling, intestinal samples were taken as well, namely parts of the caecum and large intestine. These samples were subjected to DNA isolation and with the help of next generation sequencing (NGS), the bacterial composition was identified in the different samples. Subsequent analysis of the obtained data and comparison of samples showed significant differences in composition and diversity between the five experimental groups. Comparison of faecal groups showed over time a significant increase in the relative abundance of the phylum Firmicutes against Bacteroidetes, an increase in alpha diversity, and beta diversity demonstrated the variability of the microbial community. Though, the biggest changes were observable after returning to room temperature. Comparison of intestinal samples did not show major...