Využití eDNA pro detekci patogenů obojživelníků

Abstract

Tato diplomová práce se zabývá využitím environmentální DNA (eDNA) pro detekci patogenů obojživelníků, konkrétně chytridiomycet Batrachochytrium dendrobatidis (Bd) a Batrachochytrium salamandrivorans (Bsal). Obojživelníci jsou klíčovými indikátory environmentálních změn, avšak jejich populace jsou ohrožovány mnoha faktory včetně patogenů. Tradiční metody detekce patogenů zahrnují sběr vzorků z kůže obojživelníků, což může působit stres a zvýšit riziko přenosu nemocí. Metoda eDNA nabízí neinvazivní alternativu, která umožňuje detekci patogenů přímo z vodního prostředí (vzorků vody) bez nutnosti odchytu obojživelníků. Cílem této práce bylo porovnat účinnost tradičních (stěry z kůže obojživelníků) a nových (eDNA) metod při detekci patogenů a vyhodnotit účinnost různých laboratorních technik, konkrétně PCR, qPCR a izotermální amplifikace pomocí přístroje OptiGenie® II. Na základě získaných dat byla navržena optimalizovaná metodika sběru a laboratorní analýzy vzorků. Výsledky ukazují, že eDNA je vhodnou alternativou k tradičním metodám a může být efektivně použita k detekci patogenů obojživelníků. Laboratorní analýzy rovněž ukázaly, že qPCR je nejcitlivější metodou detekce, následovanou PCR a izotermální amplifikací. Tato práce přispívá k vytvoření efektivní metodiky monitoringu patogenů obojživelníků i...

This thesis deals with the use of environmental DNA (eDNA) for the detection of amphibian pathogens, specifically the chytridiomycetes Batrachochytrium dendrobatidis (Bd) and Batrachochytrium salamandrivorans (Bsal). Amphibians are key indicators of environmental change, but their populations are threatened by many factors including pathogens. Traditional methods of pathogen detection involve collecting amphibian skin samples, which can cause stress and increase the risk of disease transmission. The eDNA method offers a non-invasive alternative that allows detection of pathogens directly from the aquatic environment (water samples) without the need to capture amphibians. The aim of this work was to compare the performance of traditional (amphibian skin swabs) and novel (eDNA) methods in pathogen detection and to evaluate the performance of different laboratory techniques, namely PCR, qPCR and isothermal amplification using the OptiGenie® II instrument. Based on the data obtained, an optimized methodology for sample collection and laboratory analysis was proposed. The results show that eDNA is a suitable alternative to traditional methods and can be effectively used to detect amphibian pathogens. Laboratory analyses also showed that qPCR is the most sensitive detection method, followed by PCR and...