Studium integrace DNA nádorových virů

Abstract

Most people perceive viruses primarily as the cause of diseases such as cold, flu or COVID-19. But there are also viruses with oncogenic potencial. There are several ways in which viruses provide to the development of tumors. In the case of human papillomavirus and Merkel cell virus, this is the expression of oncogens encoded in viral genomes. The virus may be integrated into the host genome, which can also promote to the development of carcinogenesis. In this work, the method of detection of integrated papillomavirus sequence by polymerase chain reaction (DIPS PCR) was used to detect the integration breakpoints in human papillomavirus (HPV) of positive cell lines originated from cervix cancer, clinical head and neck cancer samples associated with HPV, and clinical samples of cancer from Merkel cells. In the case of Merkel cell carcinoma, the DIPS PCR method was performed on samples isolated from freshly frozen tissue and from cuts of tumor samples stored in paraffin. In the case of tonsil tumors associated with HPV, it was only freshly frozen tissue. Using the DIPS PCR method, integration breakpoints were detected in samples from both freshly frozen tissue and tissue stored in paraffin. For the detection of HPV genome integration breakpoints, a new set of primers was tested, which was optimized on...

Většina lidí vnímá viry především jako původce nemocí jako je rýma, chřipka nebo COVID- 19. Existují ale i viry, které mohou způsobovat nádorová onemocnění. Existuje hned několik způsobů, jak viry přispívají ke vzniku nádorů. V případě lidských papilomavirů a viru Merkelových buněk se jedná o expresi onkogenů kódovaných ve virových genomech. Kromě toho může docházet k integraci viru do hostitelského genomu, což může také přispět k rozvoji karcinogeneze. V této práci byla využita metoda detekce integrované papilomavirové sekvence pomocí polymerázové řetězové reakce (DIPS PCR) pro detekci integračního zlomu u lidských papilomavirů (HPV)-pozitivních buněčných linií odvozených od karcinomu cervixu, klinických vzorků karcinomu v oblasti hlavy a krku asociovaných s HPV a klinických vzorků karcinomu z Merkelových buněk. V případě karcinomu z Merkelových buněk byla metoda DIPS PCR provedena na vzorcích pocházejících z čerstvě zmražené tkáně a z řezů vzorků nádorů zalitých v parafínu. V případě tonsilárních nádorů asociovaných s HPV se jednalo pouze o čerstvě zmraženou tkáň. Pomocí metody DIPS PCR se podařilo detekovat integrační zlomy u vzorků z čerstvě zmražené tkáně i tkáně uchovávané v parafínu. U detekce integračních zlomů genomu HPV byla vyzkoušena nová sada primerů, která byla optimalizována na...