Molekulárně genetická analýza vzácných onemocnění oka v romské populaci na území České republiky

Abstract

The Roma are the largest and most widespread transnational ethnic community. The Czech Republic estimates their 2% representation in its population. Due to the high level of endogamy, the spectrum and frequency of hereditary diseases in the Roma population differ from the majority population. Hereditary eye diseases are one of the most common causes of blindness in younger adults and thus represent a real socio-economic burden. The aim of the thesis was to perform molecular genetic analysis in individuals of Roma origin suffering from hereditary diseases affecting vision, including dual impairments and syndromes, and to determinate the frequency of the detected pathogenic variants in this population. Molecular genetic analysis of 17 families was performed using direct and whole exome sequencing. Within the framework of an international collaboration, the degree of their mutual kinship was calculated using the PLINK program. The frequency of selected variants was determined in a control dataset comprising 156 Roma exomes and genomes. The spectrum of analyzed diseases included various retinal dystrophies, primary congenital glaucoma, Usher syndrome, neuronal ceroid lipofuscinosis, Noonan syndrome, nanophthalmos and congenital cataract, facial dysmorphism and neuropathy. The results of the thesis...

Romové jsou největší a nejrozšířenější nadnárodní etnickou komunitou. Česká republika odhaduje jejich 2% zastoupení ve své populaci. Vzhledem k vysoké míře endogamie jsou spektrum a frekvence dědičných onemocnění v romské populaci odlišné od populace většinové. Hereditární onemocnění oka jsou jednou z nejčastějších příčin nevidomosti u dětí a mladších dospělých a představují tak významnou socioekonomickou zátěž. Cílem práce byla molekulárně genetická analýza dědičných onemocnění postihující zrak včetně kombinovaných vad a syndromů u jedinců romského původu a stanovení frekvence detekovaných patogenních variant v této populaci. Molekulárně genetická analýza 17 rodin byla provedena pomocí přímého a celoexomového sekvenování. V rámci mezinárodní spolupráce byla dále stanovena jejich vzájemná míra příbuznosti pomocí programu PLINK. Frekvence vybraných variant byla sledována na kontrolním souboru 156 romských exomů a genomů. Spektrum chorob v analyzovaném souboru zahrnovalo různé dystrofie sítnice, primární kongenitální glaukom, Usherův syndrom, neuronální ceroidní lipofuscinózu, Noonanův syndrom, nanoftalmus a syndrom kongenitální katarakty, faciálního dysmorfismu a demyelinizační neuropatie. Výsledky diplomové práce naznačují, že romská populace žijící na území České republiky má vyšší riziko vzniku...