Vývoj nové technologie detekce DNA mutací pro využití v onkologické diagnostice

Abstract

The aim of this diploma thesis was to test a new technology for DNA mutation detection and to optimize the parameters related to the introduction of a new method, that uses this technology, into oncological diagnostic practice. The new method consists of an experimental modification of an already used method for the detection of somatic mutations in tumor DNA, which is based on heteroduplex analysis and denaturing capillary electrophoresis. The new aspect of the technology is the use of short oligonucleotide probe, which significantly simplifies the interpretation of data and also enables the simultaneous examination of multiple mutations in one reaction (multiplexes). Key words: DNA, denaturating capillary electrophoresis, heteroduplex, mutation, PCR, probe

Cílem této diplomové práce bylo otestovat novou technologii detekce DNA mutací a optimalizovat parametry související se zavedením nové metody, která tuto technologii využívá, do onkologické diagnostické praxe. Nová metoda spočívá v experimentální modifikaci již používané metody pro detekci somatických mutací v nádorové DNA, která je založena na heteroduplexní analýze a denaturační kapilární elektroforéze. Novým aspektem je využití specifické sondy, krátkého oligonukleotidu, jehož použití výrazně zjednodušuje interpretaci data a nově také umožňuje současné vyšetření více mutací v jedné reakci (multiplexy). Klíčová slova: DNA, denaturační kapilární elektroforéza, heteroduplex, mutace, PCR, sonda