Taxonomický přehled rodu Arthroderma se zaměřením na druhy izolované z plazů a netopýrů

Abstract

The genus Arthroderma belongs to a group of geophilic dermatophytes that primarily degrade keratin in soil and occasionally cause infections in humans and animals. This species-rich genus has received particular attention in recent years in terms of species occurring in human clinical material or clinical samples isolated from rodents and other mammals, which has been associated with a significant increase in the number of its species. In this thesis, the species diversity of the genus Arthroderma was investigated in material isolated from snakes, bats and cave sediment, a substrate that has been almost unexplored in terms of the occurrence of this genus. The strains studied were isolated during research on bats diseased by "white nose syndrome" and snakes by "snake fungal disease". In the past, the genus Arthroderma has been studied either on the basis of morphology or, after the advent of molecular methods, in terms of multigene phylogeny. However, no monographs have simultaneously combined phenotypic and molecular genetic criteria to assess species boundaries across the genus or a significant part of it. This is one of the reasons why species boundaries are often unclearly defined. Thus, another aim of this work was to improve the multigene phylogeny of the genus by incorporating new strains,...

Rod Arthroderma patří do skupiny geofilních dermatofytů, které primárně rozkládají keratin v půdě a příležitostně působí infekce u člověka a zvířat. Tomuto druhově bohatému rodu byla v minulých letech věnována pozornost zejména z hlediska druhů vyskytujících se v lidském klinickém materiálu, nebo klinických vzorcích odebraných z hlodavců a dalších savců, což bylo spojeno s výrazným nárustem počtu jeho druhů. V této diplomové práci byla prozkoumána druhová diverzitu rodu Arthroderma v materiálu izolovaného z hadů, netopýrů a jeskynního sedimentu, což je dosud téměř neprobádaný substrát z hlediska výskytu tohoto rodu. Zkoumané kmeny byly izolovány během výzkumu onemocněné netopýrů "white nose syndromu" a hadů "snake fungal disease". Rod Arthroderma byl v minulosti zkoumán jako celek buď pouze na základě morfologie nebo po nástupu molekulárních metod z hlediska mnohagenové fylogeneze. Žádná monografie však nekombinovala současně fenotypová a molekulárně-genetická kritéria pro hodnocení druhových hranic napříč rodem nebo jeho významnou částí. I to je jedním z důvodů, proč jsou hranice druhů často nejasně definované. Dalším z cílů této práce bylo tedy zdokonalit mnohagenovou fylogenezi rodu začleněním nových kmenů, nově popsaných druhů a doplněním chybějících sekvenčních dat. Pro revizi druhových hranic...