Studium konformačních efektů vazby ligandu na proteinovou strukturu

Abstract

This bachelor thesis aims to provide a comprehensive overview of the effects of ligand binding on the 3D structure of proteins. The focus will be on examples where ligand binding causes a significant conformational change between the structure without the ligand (apo structure) and the structure with the ligand (holo-structure). The thesis will discuss various techniques used to determine the structural changes caused by ligand binding, including X-ray crystallography, NMR spectroscopy, and cryo-electron microscopy. Furthermore, the thesis will provide insight into the structural and functional implications of ligand-induced conformational changes in proteins. Overall, this thesis will serve as a resource for understanding the role of ligand binding in modulating the 3D structure of proteins. Keywords: apo, holo, ligand, conformational change, IDP

Tato bakalářská práce si klade za cíl poskytnout komplexní přehled o vlivu vazby ligandu na trojrozměrnou strukturu proteinů. Pozornost bude věnována příkladům, kde vazba ligandu způsobí významnou konformační změnu mezi strukturou bez ligandu (apo strukturou) a strukturou s ligandem (holo strukturou). Práce bude diskutovat různé techniky používané k určení strukturních změn způsobených vazbou ligandu, včetně rentgenové krystalografie, NMR spektroskopie a kryo-elektronové mikroskopie. Kromě toho práce poskytne náhled na strukturní a funkční dopady konformačních změn způsobených vazbou ligandu v proteinech. Celkově bude tato práce sloužit jako zdroj pro porozumění role vazby ligandu při modulaci trojrozměrné struktury proteinů. Klíčová slova: apo, holo, ligand, strukturní změna, IDP