Vývoj vnitrodruhové diverzity invazního patogenu olší Phytophthora ×alni

Abstract

Phytophthora alni s. l. (Peronosporomycetes: Stramenopila) is an invasive pathogen causing phytophthora root and collar rot in alders. It has been known from Europe since the '90s and from the Czech Republic since 2001. Three species were found are known within species complex P. alni s. l. Two of these species hybridized in Europe and created third triploid species called Phytophthora ×alni (Phytophthora alni subsp. alni). Dozens of genotypes have been identified with the help of microsatellites in previous studies, nevertheless only one genotype (Pxa-1) was dominating and most of other genotypes were closely related to it. The trend of increasing or decreasing incidence of this genotype differed among these studies. This thesis compares changes in the P. ×alni population in Vltava basin over the last 14 years during which a significant decrease in number of available hosts of this pathogen took place. Multilocus genotypes were determined using a set of 10 microsatellite markers. Among the 94 P. ×alni isolates reliably genotyped, 23 were of different genotypes. None of these genotypes, however, were found on the same localities repeatedly (except the dominant genotype). Incidence of the dominant genotype increased over time (from 63 % to 86 %). Most of the other genotypes were only slightly...

Phytophthora alni s. l. (plíseň olšová, Peronosporomycetes: Stramenopila) je invazní patogen způsobující fytoftorovou hnilobu kořenů a krčků olší. Z Evropy je znám od 90. let, z ČR od roku 2001. V rámci druhového komplexu P. alni s. l. jsou známy tři druhy. V Evropě v současnosti nejrozšířenější triploidní Phytophthora ×alni (Phytophthora alni subsp. alni) vznikl hybridizací mezi druhými dvěma taxony. Analýzou mikrosatelitů byly v předchozích pracích objeveny desítky genotypů, kterým však dominoval genotyp jediný (Pxa-1) a většina ostatních genotypů z něj byla odvozená. Tyto práce se však rozcházely v tom, jestli zastoupení tohoto genotypu v čase narůstá, či klesá ve prospěch jiných genotypů. Tato diplomová práce porovnává změny populace P. ×alni v povodí Vltavy za posledních čtrnáct let, během kterých došlo na mnohých lokalitách k výraznému úbytku dostupných hostitelů tohoto patogenu. Pro určení multilokusových genotypů bylo využito 10 mikrosatelitů. Mezi 94 izoláty P. ×alni spolehlivě určenými na úroveň genotypu bylo 23 různých genotypů. Žádný z těchto genotypů, kromě dominantního, však nebyl nalezen na stejných lokalitách opakovaně. Byl patrný nárůst zastoupení dominantního genotypu (z 63 % na 86 %). Většina ostatních genotypů byla jen mírně odlišná od Pxa-1 (nejčastěji ztrátou heterozygozity)....