Molecular Phylogeny of Selected Protists

Abstract

Results 1. We sequencedSSU rDNA of Protoopalinaintestinalis, representativeof opalinids,andKarotomorpha,a proteromonaďdwith hithertono moleculardataavailable. Analyses of thesedataconfirmedcloseaffrnityof thetwo families andalsotheparaphylyof proteromonadids- the resultingtopologywas(Proteromonas+(Karotomopha+ Protoopalina)).Slopalinidsbelongedwithin stramenopilesin our analyses. 2. In ouranalyses,thegenusBlastocystis,geneticallyquite variable,formeda sistergroupof slopalinidswithin thegroupof Stramenopila. 3. We sequencesSSU rDNA of two Chilomastixisolates.The sequencesdifferedsubstantiallyin lengthandcomposition,but formeda monophylumin resultingphylogenetictrees. Surprisingly,Retortamona,swÍlsnotreconstructedasa sister groupof Chilomasfrx,butthetwo generaformedaparaphyletic groupfrom which thediplomonadsevolved(withRetortamonas closerto diplomonads).This resultimpliesthattheancestorof diplomonads(includingenteromonads)wasretortamonadidJike. 4. We sequencedandanďyses SSU rDNA of two morphologically well definedamoebae,Mayorella gemmiferaand Saccamoeba limax.We havefoundthatanothersequenceascribedto S.limm andusedin someanalysesprobablyoriginatesfrom a misidontifi€d organism. 5. WohaveprogrammedtheprogramSlowFaster.Itis aunique user-frierrdlytoolleadingauserstep-by-steptbrougbthewhole processof...

Výsledky 1. Získalijsme sekvenciSsU rDNA z prvokaProtoopalino intestinalis,reprezentujícíhoopalinlqy,a Karotomorpha,coŽje proteromonadidz něhožzatímnebyla žÁdnámolekulrímídata k dispozici. Ana|ýrytěchtodatpotvrdily blízkoupříbuznostobou skupinI parafylii proteromonadidů_ vyslednátopologiebyla (Proteromonas * (Karotomorpha* Protoopalina)).Slopalinidi sev našichana|ýzáchz.ařadilido skupinyStamenopila. 2. Blastocystis,genetickypoměrněvariabilnírod, sev nďich analýzÁchvyslgrtovaljako sesterskáskupinak řádu Slopalinida v rámci sfuamenopil. 3. Získalijsme sekvenciSSU rDNA ze dvouizolátůrodu Chilomastix.obě sekvenceseod sebevzájemnědostilišily délkouI složením,alepřestove fylogenetickychstromech tvořily dobřepodpořenoumonosletickou skupinu.Překvapivě všakRetortamonasnebylasesterskouskupinoutohotorodu,byla bližšídiplomonádám_ čeleďRetortamonadidaezahňujícíoba t5rtorodyje tedyďejmě paraffletická.Takovyvýsledekby mamenď, Žeprapředekdiplomonád(včetněenteromonád)byl retortamonadidníhoýpu. 4. Získa|ijsmesekvenceSSU rDNA dvoumorfologicky dobře charakterizovanýchaméb'Mayorella gemmifera a Saccamoeba limax.Llkrázalijsme, žesekvencepřipisovanáS, limax a používanáv některych fylogenetických ana|ýzách,patříň ejmě špatněurčenémuorganismu. 5. lv}tvořili jsme program SlowFaster.Jde o unikátníjednoduše ovladate|nýnrásffoj,který...