Analýza kotranskripčního sestavování spliceosomu na RPL22B

Abstract

In eukaryotic organisms, the process of splicing is used to remove non-coding sequences - introns - from transcripts to form mRNA, and together with transcription, it also allows to regulate the amount of the resulting RNA that will be used further in translation. The protein of interest in our study is Rpl22, which binds the intron of its own transcript and its paralog and can inhibit their splicing. This thesis examines the mechanism by which the inhibition occurs and provides new information about the regulation of RPL22 transcript expression via its intron. Using co-transcriptional spliceosome assembly analysis on the RPL22B transcript, we were able to observe that the recognition of splice sites by the U1 snRNP, Msl5 and Mud2, is not affected by the inhibition. Thus, the inhibition of RPL22B splicing will occur later during spliceosome assembly or during spliceosome activation, before the first step of splicing takes place.

Proces sestřihu slouží v eukaryotních organismech k odstranění nekódujících sekvencí, intronů, z transkriptů za vzniku mRNA, a společně s transkripcí umožňuje regulovat také množství vzniklé RNA, která bude využita dále v translaci. Předmětem zájmu našeho studia je protein Rpl22, který váže intron vlastního transkriptu i svého paralogu a dokáže inhibovat jejich sestřih. Tato diplomová práce se zabývá mechanismem, jakým inhibice probíhá, a přináší nové informace o regulaci exprese transkriptu RPL22 skrze jeho intron. S využitím analýzy kotranskripčního sestavování spliceosomu na transkriptu RPL22B jsme mohli pozorovat, že rozpoznání sestřihových míst komponentami U1 snRNP, Msl5 a Mud2, není inhibicí ovlivněno. K inhibici sestřihu RPL22B tedy bude docházet později během sestavování spliceosomu či během aktivace spliceosomu, před proběhnutím prvního kroku sestřihu.