Počítačové modelovanie membránových proteínov
Computational Modeling of Membrane Proteins
Počítačové modelování membránových proteinů
diploma thesis (DEFENDED)
View/
Permanent link
http://hdl.handle.net/20.500.11956/179545Identifiers
Study Information System: 234751
Collections
- Kvalifikační práce [10150]
Faculty / Institute
Faculty of Mathematics and Physics
Discipline
Mathematical and Computational Modelling in Physics
Department
Institute of Physics of Charles University
Date of defense
2. 2. 2023
Publisher
Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakultaLanguage
Slovak
Grade
Excellent
Keywords (Czech)
A2A adenosinový receptor|TRP iontové kanály|Deca-alanin|Gramicidin A|Molekulární dynamické simulace|Řízená molekulární dynamikaKeywords (English)
A2A adenosine receptor|TRP ion channels|Deca-alanine|Gramicidin A|Molecular dynamics simulations|Steered molecular dynamicsPředkládaná práce se zabývá aplikací řízených molekulárně dynamických simulací na medicínsky zajímavé biomolekulární systémy. Nejprve byly otestovány metody určení profilu volné energie na modelovém systému (Ala)10. Potom jsme se zaměřili na určení profilu volné energie při vazbě ligandu do vazebného místa adenosinového A2A GPC receptoru. Dále jsme určovali profil volné energie spojený s tranzitem iontů přes modelový systém Gramicidinu A. A nakonec jsme tuto metodiku aplikovali na iontový kanál TRPM2. 1
The present work deals with the application of steered molecular dynamics simulations on medically interesting biomolecular systems. At first, methods for determi- ning the free energy profile were tested on the (Ala)10 model system. Then we focused on determining the free energy profile for binding of a ligand to the adenosine A2A GPC receptor. We further studied the free energy profile associated with ion passage through the Gramicidin A ion channel. Finally, we applied this methodology to the TRPM2 ion channel. 1