Funkční analýza diferenciálně exprimovaných miRNA v buněčných liniích HPV pozitivních a HPV negativních odvozených od nádorů různé anatomické lokalizace

Abstract

MicroRNAs (miRNAs) are small non-coding RNAs that regulate gene expression. MiRNA expression profiles showed several differentially expressed miRNAs specific to human papillomavirus (HPV)-associated tumors. These miRNAs include miR-139-5p, which has reduced expression in these tumors. In this thesis, the role of miR-139-5p was studied in vitro on cell lines that were HPV positive (CRL-3240, SiHa) and HPV negative (FaDu, C-33A). Cell lines were transfected with mimic miRNA, the ability of cells to proliferate and migrate was then studied. Cell proliferation was studied using MTT assay, while Scratch wound healing assay and transwell assay were used to evaluate the migratory abilities of the cells. Mediator RNAs (mRNAs) of target genes of miR-139-5p were predicted using TargetScan and miRDB databases. The change in gene expression of target mRNAs, as well as the verification of the successful increase in miRNA expression in the cell lines, was verified using RT-qPCR. Increase of miR-139-5p expression in all used cell lines did not lead to statistically significant changes (p≤0.05) in proliferative or migratory abilities. The mRNAs of FOS, JUN, KIF13A and GDF10 genes were selected as targets of miR-139-5p. Transfected cell lines did not show a noticable reduction in the expression of the target mRNAs....

MikroRNA (miRNA) jsou malé nekódující RNA regulující genovou expresi. Expresní profily miRNA ukázaly řadu diferenciálně exprimovaných miRNA specifických pro nádory asociované s lidskými papilomaviry (HPV). Mezi tyto miRNA se řadí miR-139-5p, která má v těchto nádorech sníženou expresi. V diplomové práci proto byla studována role miR-139-5p v in vitro modelech buněčných liniích, které jsou HPV pozitivní (CRL-3240, SiHa) a HPV negativní (FaDu, C-33A). V buněčných linií transfekovaných mimikující miRNA miR-139-5p byla sledována schopnost proliferace a migrace buněk. Buněčná proliferace byla studována pomocí MTT metody, zatímco pro hodnocení migračních schopností buněk byly využity dvě metody, metoda hojení ran a metoda transwell. Za využití databází TargetScan a miRDB byly predikovány mediátorové RNA (mRNA) cílových genů miR-139-5p. Změna exprese cílových genů, stejně jako ověření úspěšného zvýšení exprese miRNA v buněčných liniích, byla ověřena pomocí metody RT-qPCR. Zvýšení exprese miR-139-5p ve všech buněčných liniích nevedlo ke statisticky signifikantním změnám (p≤0,05) v proliferačních ani migračních schopnostech. Jako cíle mimikující miR-139-5p byly vybrány mRNA genů FOS, JUN, KIF13A a GDF10. Transfekované buněčné linie nevykazovaly výrazné snížení exprese cílových mRNA. U buněčné linie SiHa...