Framework for retrieval and analysis of proteins apo and holo forms from PDB

Abstract

We developed a software framework that allows the analysis of ligand-free (apo) and ligand-bound (holo) forms of proteins that are accessible in PDB. The software downloads the current version of the PDB, divides the structures into groups of the same molecules, and these into apo and holo forms. Finally, it is possible to analyze pairs of apo and holo structures with respect to their different structural characteristics. In addition to the software work itself, we also verify results against previous work on an equivalent dataset, and obtain results for the current version of PDB. Keywords: protein; structural bioinformatics; PDB

Vyvinuli jsme softwarový framework, který umožňuje analyzovat a porovnávat apo (bez ligandu) a holo (s ligandem) strukturní formy proteinů přístupných v PDB. Software stáhne aktuální verzi PDB, rozdělí struktury do skupin stejných molekul a rozliší zda se jedná o apo či holo strukturní formu. Nakonec je možné analyzovat dvojice apo a holo struktur s ohledem na jejich odlišné strukturální charakteristiky. Kromě samotné softwarové práce prezentujeme výsledky na datasetu z výchozí výzkumu a ověřujeme je. Získáváme výsledky na aktuální verzi PDB. Klíčová slova: protein; strukturní bioinformatika; PDB