Tools for microbial community analysis using high-throughput amplicon sequencing data

Abstract

Amplicon high-throughput sequencing is currently the most widely used technique to investigate complex microbial communities. In order to analyze amplicon sequencing data, specialized software and algorithms are required to turn raw sequencing data into biologically meaningful information. This thesis serves as an overview of the current pos- sibilities and an introduction to microbial community analysis. It provides a comparison of the most widely used bioinformatics pipelines as well as a newer pipeline SEED2 and a foundation for users to make a decision based on their preferences. 1

Masivní amplikonové sekvenování je v současné době nejrozšířenější technikou pro zk- oumání komplexních mikrobiálních komunit. Aby bylo možné analyzovat data vytvořená amplikonovým sekvenováním, jsou zapotřebí specializované software a algoritmy, které přemění nezpracovaná sekvenační data na biologicky smysluplné informace. Tato práce slouží jako přehled současných možností a úvod do analýzy mikrobiálních komunit. Posky- tuje srovnání nejrozšířenějších bioinformatických pipeline i novější pipeline SEED2 a poskytuje uživatelům prostředky pro rozhodování na základě jejich preferencí. 1