Detekce CNV polymorfismů v oblastech forenzně významných STR lokusů v české populaci

Abstract

DNA analysis aimed at individual identification of persons is based on the examination of a panel of STRs (Short Tandem Repeats). These polymorphic loci were selected on the basis of broadly conceived international testing and the frequencies of individual alleles across different ethnicities are known. Currently, attention is also paid to polymorphisms involving larger regions of DNA - the so- called Copy Number Variants (CNV). According to the literature (Repnikova et al., 2013), it turns out that these CNVs can also affect areas of forensically significant STR loci, resulting in, for example, the deletion of one of the alleles. The examined person, then in such an affected locus is not a homozygote, but a hemizygote. Otherwise, when duplication event of one of the alleles occurs, a tri-allelic STR arises. Such situations can then distort the result of individual identification, or even the correct evaluation of kinship relations. In the scope of master's thesis, a methodology based on digital droplet PCR (ddPCR) will be established, which will allow verification in cases where routinely obtained DNA profiling results in the suspicion of the presence of a third allele in one of the STR loci. Samples for testing will be obtained in cooperation with the Institute of Criminology in Prague on the...

DNA analýza směřující k individuální identifikaci osob je založena na vyšetření panelu polymorfismů typu STR (Short Tandem Repeats). Tyto polymorfní lokusy byly vybrány na základě široce pojatého mezinárodního testování, jsou známy frekvence jednotlivých alel napříč různými etniky. V současné době je věnována pozornost také polymorfismům zahrnujícím větší oblasti DNA - tzv. Copy Number Variants (CNVs). Dle literatury (Repnikova et al., 2013) se ukazuje, že tyto varianty mohou postihovat také oblasti forenzně významných STR lokusů, což má za následek například deleci jedné z alel. Vyšetřovaná osoba, pak není v takto postiženém lokusu homozygotem, ale hemizygotem. V opačném případě, při duplikaci jedne z alel, vzníká trialelický STR. Takovéto situace můžou pak zkreslit výsledek individuální identifikace, eventuálně také správné vyhodnocení příbuzenských vztahů. V rámci diplomové práce bude zavedena metodika založená na digital droplet PCR (ddPCR), která umožní ověření v případech, kdy z rutinně získaného DNA profilování vyplyne podezření na přítomnost třetí alely u jednoho z STR lokusů. Vzorky pro testování budou získány ve spolupráci s Kriminalistickým ústavem Praha na základě společně řešeného výzkumného projektu. Screeningu bude podrobeno 200 000 DNA profilů získaných z kontrolních vzorků -...