Ekologické aspekty ovlivňující mikrobiotu trávicího traktu ptáků

Abstract

Střeva obratlovců jsou obydlena taxonomicky i funkčně různorodým společenstvem bakterií a jiných mikroorganismů. Pokroky v sekvenačních technologiích odhalily vliv střevní ikrobioty (dále jen SM) na fyziologii, imunitu i chování hostitele. Naše současné vědomosti jsou však založené zejména na studiu modelových organismů, jejichž SM se od volně žijících obratlovců významně liší. Předložená práce je proto zaměřena na studium SM pomocí sekvenování druhé generace u volně žijích pěvců a srovnává jejich SM ostatními obratlovci, zejména s nejvíce studovanými savci. Na vnitrodruhové i mezidruhové úrovni se předložená práce věnuje faktorům, které složení SM ovlivňují, mezi něž patří například vnitřní regulační mechanismy hostitele (například genotyp, imunitní systém či fyziologie hostitele), sociální kontakty či environmentální faktory (včetně potravy). Dále se tato práce zabývá stabilitou SM v čase a změnami SM během Z výsledků této práce vyplývá, že u pěvců jsou v SM dominantní bakteriální kmeny Proteobacteria, Firmicutes, Actinobacteria, Tenericutes, Bacteroidetes a Chlamydia, což naznačuje složení SM odlišné od SM savců. Mezidruhová variabilita ve složení SM pěvců je ovlivněna zejména fylogenezí hostitele, efekt geografické vzdálenosti mezi lokalitami sběru vzorků je méně výrazný. Zatímco u savců jsou ekologické...

The results indicate that songbird GM is dominated by the bacterial phyla Proteobacteria, Firmicutes, Actinobacteria, Tenericutes, Bacteroidetes and Chlamydia, a community that differs from that of mammals. A t the interspecies l evel, GM composition is mainly influenced by phylogeny and less so by sampling site. While ecological factors , and especially diet , are important GM predictors in mammals, the effect of ecological factors , including diet , have a much smaller effect on inte r - and intraspecific variability in songbird GM composition . Our data from barn swallows ( Hirundo rustica ) suggest an effect of social GM transmission among adults forming social pair s, as well as trans - generational transmission from a social mother to her own nestlings. At the same time, we observed differ ing GM in adults and nestlings, with no dramatic change in GM with nestling age, a process previously recognised in mammals. Part of the GM detected appears to remain stable over time , and is therefore su itable for further detailed study. To conclude, our studies demonstrate that s ongbird GM differs from that of mammals and that the factors influencing GM composition appear to differ from those in mammals , thereby highlighting the importance of study ing mu ltiple vertebrate groups (not just mammals ) when...