Show simple item record

Molecular dynamics simulations of complexes consisting of proteins and nucleic acids
dc.contributor.advisorBarvík, Ivan
dc.creatorHammer, Jiří
dc.date.accessioned2017-04-10T11:57:33Z
dc.date.available2017-04-10T11:57:33Z
dc.date.issued2008
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/15197
dc.description.abstractThe goal of this diploma thesis was to study interactions of Argonaute (Ago) protein in a complex with nucleic acids. Based on the available crystal structures of full length Argonaute (from A. aeolicus, Aa-Ago) and/or its domains (human PAZ domain, Hs-PAZ), twelve different simulations were computed. Two initial simulations used model of Aa-Ago with either a duplex of DNA/RNA or RNA/RNA. Major difference was in behavior of the PAZ domain (especially its arginine residues), which tolerated the guide DNA in one simulation, but was disturbing the RNA guide strand in the second. Such an interaction could serve as a mechanism of the substrate recognition. In additional simulations (3-9) employing the Hs-PAZ domain, where no disturbance was found in the DNA/RNA hetero-duplex. Different arrangements of the active site geometry as well as empirical parameterizations of Mg2+ ion were probed and analyzed. The DD-catalytic motif plus D683 in Aa-Ago (equivalent to H807 in human Argonaute2) was observed to coordinate the Mg2+ ion in one and two metal ion dependent catalysis models. Highly conserved R570 and E578 created mutual hydrogen bonds and hence stabilized the active site. To make the cleavage irreversible, a role for the first (unpaired) nucleotide from 5'-end of the guide strand was suggested. It lies in a...en_US
dc.description.abstractCílem této diplomové práce bylo studium interakcí proteinu Argonautu (Ago) s komplexy nukleových kyselin. Na základě krystalových struktur Argonautu (A. aeolicus, Aa-Ago) a popř. jeho domén (lidská PAZ doména, Hs-PAZ) bylo vyprodukováno dvanáct různých simulací. Prvé dvě využily modelu Aa-Ago s různými substráty: buď s DNA/RNA nebo RNA/RNA duplexem. Hlavní rozdíl byl pozorován při interakci PAZ domény (resp. jejích argininových reziduí), která tolerovala guide DNA, nikoli však guide RNA vlákno. To naznačuje možnou funkci PAZ domény při rozpoznávání duplexů RNA/RNA od hybridních duplexů DNA/RNA. V dalších simulacích (3-9) byla využita Hs-PAZ doména. Žádné konflikty s guide DNA vláknem nebyly pozorovány. Byla vyzkoušena různá uspořádání aktivního místa, počet iontů a jejich parametrizace. DD-katalytický motiv s D683 (ekviv. lidskému H807 z Ago2) koordinoval (jeden, popř. dva) ionty Mg2+. Vysoce konzervovaná rezidua R570 a E578 stabilizovala aktivní místo vzájemnou vodíkovou vazbou. Z hlediska nevratnosti procesu přeštípnutí mRNA může hrát důležitou úlohu první (nepárový) nukleotid z 5'-konce guide DNA. Tato úloha by spočívala v tvorbě vodíkového můstku s přeštípnutým vláknem mRNA vedoucí k jeho destabilizaci. Simulace (10-12) s homologními modely lidských Ago2 se ukázaly jako málo stabilní a věrohodné...cs_CZ
dc.languageČeštinacs_CZ
dc.language.isocs_CZ
dc.publisherUniverzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakultacs_CZ
dc.titleMolekulárně-dynamické simulace komplexů sestávajících z nukleových kyselin a proteinůcs_CZ
dc.typediplomová prácecs_CZ
dcterms.created2008
dcterms.dateAccepted2008-05-26
dc.description.departmentInstitute of Physics of Charles Universityen_US
dc.description.departmentFyzikální ústav UKcs_CZ
dc.description.facultyMatematicko-fyzikální fakultacs_CZ
dc.description.facultyFaculty of Mathematics and Physicsen_US
dc.identifier.repId43244
dc.title.translatedMolecular dynamics simulations of complexes consisting of proteins and nucleic acidsen_US
dc.contributor.refereeObšil, Tomáš
dc.identifier.aleph000970619
thesis.degree.nameMgr.
thesis.degree.levelmagisterskécs_CZ
thesis.degree.disciplineBiophysics and chemical physicsen_US
thesis.degree.disciplineBiofyzika a chemická fyzikacs_CZ
thesis.degree.programFyzikacs_CZ
thesis.degree.programPhysicsen_US
uk.faculty-name.csMatematicko-fyzikální fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Mathematics and Physicsen_US
uk.faculty-abbr.csMFFcs_CZ
uk.degree-discipline.csBiofyzika a chemická fyzikacs_CZ
uk.degree-discipline.enBiophysics and chemical physicsen_US
uk.degree-program.csFyzikacs_CZ
uk.degree-program.enPhysicsen_US
thesis.grade.csVýborněcs_CZ
thesis.grade.enExcellenten_US
uk.abstract.csCílem této diplomové práce bylo studium interakcí proteinu Argonautu (Ago) s komplexy nukleových kyselin. Na základě krystalových struktur Argonautu (A. aeolicus, Aa-Ago) a popř. jeho domén (lidská PAZ doména, Hs-PAZ) bylo vyprodukováno dvanáct různých simulací. Prvé dvě využily modelu Aa-Ago s různými substráty: buď s DNA/RNA nebo RNA/RNA duplexem. Hlavní rozdíl byl pozorován při interakci PAZ domény (resp. jejích argininových reziduí), která tolerovala guide DNA, nikoli však guide RNA vlákno. To naznačuje možnou funkci PAZ domény při rozpoznávání duplexů RNA/RNA od hybridních duplexů DNA/RNA. V dalších simulacích (3-9) byla využita Hs-PAZ doména. Žádné konflikty s guide DNA vláknem nebyly pozorovány. Byla vyzkoušena různá uspořádání aktivního místa, počet iontů a jejich parametrizace. DD-katalytický motiv s D683 (ekviv. lidskému H807 z Ago2) koordinoval (jeden, popř. dva) ionty Mg2+. Vysoce konzervovaná rezidua R570 a E578 stabilizovala aktivní místo vzájemnou vodíkovou vazbou. Z hlediska nevratnosti procesu přeštípnutí mRNA může hrát důležitou úlohu první (nepárový) nukleotid z 5'-konce guide DNA. Tato úloha by spočívala v tvorbě vodíkového můstku s přeštípnutým vláknem mRNA vedoucí k jeho destabilizaci. Simulace (10-12) s homologními modely lidských Ago2 se ukázaly jako málo stabilní a věrohodné...cs_CZ
uk.abstract.enThe goal of this diploma thesis was to study interactions of Argonaute (Ago) protein in a complex with nucleic acids. Based on the available crystal structures of full length Argonaute (from A. aeolicus, Aa-Ago) and/or its domains (human PAZ domain, Hs-PAZ), twelve different simulations were computed. Two initial simulations used model of Aa-Ago with either a duplex of DNA/RNA or RNA/RNA. Major difference was in behavior of the PAZ domain (especially its arginine residues), which tolerated the guide DNA in one simulation, but was disturbing the RNA guide strand in the second. Such an interaction could serve as a mechanism of the substrate recognition. In additional simulations (3-9) employing the Hs-PAZ domain, where no disturbance was found in the DNA/RNA hetero-duplex. Different arrangements of the active site geometry as well as empirical parameterizations of Mg2+ ion were probed and analyzed. The DD-catalytic motif plus D683 in Aa-Ago (equivalent to H807 in human Argonaute2) was observed to coordinate the Mg2+ ion in one and two metal ion dependent catalysis models. Highly conserved R570 and E578 created mutual hydrogen bonds and hence stabilized the active site. To make the cleavage irreversible, a role for the first (unpaired) nucleotide from 5'-end of the guide strand was suggested. It lies in a...en_US
uk.publication.placePrahacs_CZ
uk.grantorUniverzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta, Fyzikální ústav UKcs_CZ


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV