Show simple item record

Utilization of chemical cross-linking for studying intermediate filaments organization
dc.contributor.advisorNovák, Petr
dc.creatorDlabolová, Lada
dc.date.accessioned2021-10-08T10:34:17Z
dc.date.available2021-10-08T10:34:17Z
dc.date.issued2021
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/20.500.11956/150851
dc.description.abstractIntermediální filamenta jsou složky cytoskeletu tvořené velkou rodinou vláknitých proteinů specificky exprimovaných prakticky ve všech diferenciovaných buňkách. Za fyziologických podmínek se samovolně skládají do vláken v procesu, který zahrnuje několik fází organizace podjednotek. Tato vlákna poskytují buňkám elastické vlastnosti, čímž umožňují udržovat jejich strukturní a mechanickou integritu. Zatímco struktura ostatních cytoskeletálních složek je v dnešní době již dobře prozkoumána, podrobné informace o struktuře intermediálních filament v různých fázích skládání stále nejsou k dispozici. Nové poznatky o struktuře těchto proteinů by přitom mohly mít velký přínos pro pochopení mnoha patologických mechanismů souvisejících se změnami jejich exprese v buňkách. Tato práce se zabývá studiem interakcí dimerních podjednotek v tetramerním vimentinu, proteinu III. třídy intermediálních filament. Chemickým sítěním směsi izotopově značeného a neznačeného tetramerního vimentinu, následným proteolytickým štěpením a analýzou pomocí hmotnostní spektrometrie byly identifikovány produkty interdimerního, intradimerního a intrapeptidového sítění. Kvantifikací byly získány informace o interdimerních a intradimerních vzdálenostních omezeních, které umožňují charakterizaci detailnější tetramerní struktury vimentinu....cs_CZ
dc.description.abstractIntermediate filaments are cytoskeleton components formed by a large family of fibrous proteins specifically expressed in nearly all differentiated cells. Under physiological conditions, they spontaneously assemble into fibers in a process that involves several stages in the organization of subunits. These fibers provide elastic properties to the cells, allowing them to maintain their structural and mechanical integrity. While the structure of other cytoskeletal components is now well researched, detailed information on the structure of intermediate filaments at various stages of assembly is still not available. Thus, new insights into the structure of these proteins could be of great benefit in understanding of various pathological mechanisms associated with changes in their expression in cells. This thesis studies interactions of dimeric subunits in the tetrameric assembly of vimentin, class III protein of intermediate filaments. By chemical cross-linking of isotopically labeled and unlabeled tetrameric vimentin mixture, followed by proteolytic cleavage and mass spectrometry analysis, interdimeric, intradimeric and intrapeptide cross-linking products were identified. Quantification yielded information on interdimeric and intradimeric distance constraints, which allow the characterization of a...en_US
dc.languageČeštinacs_CZ
dc.language.isocs_CZ
dc.publisherUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakultacs_CZ
dc.subjectintermediální vláknacs_CZ
dc.subjectcytoskeletcs_CZ
dc.subjectchemické sítěnícs_CZ
dc.subjecthmotnostní spektrometriecs_CZ
dc.subjectintermediate filamentsen_US
dc.subjectcytoskeletonen_US
dc.subjectchemical cross-linkingen_US
dc.subjectmass spectrometryen_US
dc.titleVyužití chemického sítění pro studium organizace intermediálních filamentcs_CZ
dc.typebakalářská prácecs_CZ
dcterms.created2021
dcterms.dateAccepted2021-09-13
dc.description.departmentDepartment of Biochemistryen_US
dc.description.departmentKatedra biochemiecs_CZ
dc.description.facultyPřírodovědecká fakultacs_CZ
dc.description.facultyFaculty of Scienceen_US
dc.identifier.repId231301
dc.title.translatedUtilization of chemical cross-linking for studying intermediate filaments organizationen_US
dc.contributor.refereeSabó, Ján
thesis.degree.nameBc.
thesis.degree.levelbakalářskécs_CZ
thesis.degree.disciplineBiochemistryen_US
thesis.degree.disciplineBiochemiecs_CZ
thesis.degree.programBiochemiecs_CZ
thesis.degree.programBiochemistryen_US
uk.thesis.typebakalářská prácecs_CZ
uk.taxonomy.organization-csPřírodovědecká fakulta::Katedra biochemiecs_CZ
uk.taxonomy.organization-enFaculty of Science::Department of Biochemistryen_US
uk.faculty-name.csPřírodovědecká fakultacs_CZ
uk.faculty-name.enFaculty of Scienceen_US
uk.faculty-abbr.csPřFcs_CZ
uk.degree-discipline.csBiochemiecs_CZ
uk.degree-discipline.enBiochemistryen_US
uk.degree-program.csBiochemiecs_CZ
uk.degree-program.enBiochemistryen_US
thesis.grade.csVýborněcs_CZ
thesis.grade.enExcellenten_US
uk.abstract.csIntermediální filamenta jsou složky cytoskeletu tvořené velkou rodinou vláknitých proteinů specificky exprimovaných prakticky ve všech diferenciovaných buňkách. Za fyziologických podmínek se samovolně skládají do vláken v procesu, který zahrnuje několik fází organizace podjednotek. Tato vlákna poskytují buňkám elastické vlastnosti, čímž umožňují udržovat jejich strukturní a mechanickou integritu. Zatímco struktura ostatních cytoskeletálních složek je v dnešní době již dobře prozkoumána, podrobné informace o struktuře intermediálních filament v různých fázích skládání stále nejsou k dispozici. Nové poznatky o struktuře těchto proteinů by přitom mohly mít velký přínos pro pochopení mnoha patologických mechanismů souvisejících se změnami jejich exprese v buňkách. Tato práce se zabývá studiem interakcí dimerních podjednotek v tetramerním vimentinu, proteinu III. třídy intermediálních filament. Chemickým sítěním směsi izotopově značeného a neznačeného tetramerního vimentinu, následným proteolytickým štěpením a analýzou pomocí hmotnostní spektrometrie byly identifikovány produkty interdimerního, intradimerního a intrapeptidového sítění. Kvantifikací byly získány informace o interdimerních a intradimerních vzdálenostních omezeních, které umožňují charakterizaci detailnější tetramerní struktury vimentinu....cs_CZ
uk.abstract.enIntermediate filaments are cytoskeleton components formed by a large family of fibrous proteins specifically expressed in nearly all differentiated cells. Under physiological conditions, they spontaneously assemble into fibers in a process that involves several stages in the organization of subunits. These fibers provide elastic properties to the cells, allowing them to maintain their structural and mechanical integrity. While the structure of other cytoskeletal components is now well researched, detailed information on the structure of intermediate filaments at various stages of assembly is still not available. Thus, new insights into the structure of these proteins could be of great benefit in understanding of various pathological mechanisms associated with changes in their expression in cells. This thesis studies interactions of dimeric subunits in the tetrameric assembly of vimentin, class III protein of intermediate filaments. By chemical cross-linking of isotopically labeled and unlabeled tetrameric vimentin mixture, followed by proteolytic cleavage and mass spectrometry analysis, interdimeric, intradimeric and intrapeptide cross-linking products were identified. Quantification yielded information on interdimeric and intradimeric distance constraints, which allow the characterization of a...en_US
uk.file-availabilityV
uk.grantorUniverzita Karlova, Přírodovědecká fakulta, Katedra biochemiecs_CZ
thesis.grade.code1
dc.contributor.consultantFiala, Jan
uk.publication-placePrahacs_CZ
uk.thesis.defenceStatusO


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record


© 2017 Univerzita Karlova, Ústřední knihovna, Ovocný trh 560/5, 116 36 Praha 1; email: admin-repozitar [at] cuni.cz

Za dodržení všech ustanovení autorského zákona jsou zodpovědné jednotlivé složky Univerzity Karlovy. / Each constituent part of Charles University is responsible for adherence to all provisions of the copyright law.

Upozornění / Notice: Získané informace nemohou být použity k výdělečným účelům nebo vydávány za studijní, vědeckou nebo jinou tvůrčí činnost jiné osoby než autora. / Any retrieved information shall not be used for any commercial purposes or claimed as results of studying, scientific or any other creative activities of any person other than the author.

DSpace software copyright © 2002-2015  DuraSpace
Theme by 
@mire NV