Vývoj instrumentace a metod s vysokou propustností pro hledání a validaci peptidových ligandů
Development of instrumentation and high-throughput screening methods for peptide ligand discovery and validation
diplomová práce (OBHÁJENO)
Zobrazit/ otevřít
Trvalý odkaz
http://hdl.handle.net/20.500.11956/128315Identifikátory
SIS: 222748
Kolekce
- Kvalifikační práce [19114]
Autor
Vedoucí práce
Oponent práce
Jiráček, Jiří
Fakulta / součást
Přírodovědecká fakulta
Obor
Biofyzikální chemie
Katedra / ústav / klinika
Katedra fyzikální a makromol. chemie
Datum obhajoby
13. 7. 2021
Nakladatel
Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakultaJazyk
Čeština
Známka
Výborně
Klíčová slova (česky)
Testování s vysokou propustností, peptidová syntéza, in vitro evoluce, molekulární rozpoznávání, vývoj metodKlíčová slova (anglicky)
High-throughput screening, peptide synthesis, in vitro evolution, molecular recognition, method developmentPeptidy tvoří synteticky dostupné a snadno derivatizovatelné "lešení", na jehož základě je možno vyvíjet ligandy zaměřené na široké spektrum biologických cílů. Tradiční postup k identifikaci těchto výchozích peptidů je příprava a testování kombinatoriálních knihoven. Kombinatoriální syntézu a následný screening je možné obejít využitím biologických systémů prezentace, identifikace a selekce peptidů založených na principu in vitro evoluce - tzv. display technik. V této práci je představen vývoj automatizovaných řešení obou těchto přístupů. Prvním z nich je paralelní syntetizátor peptidů SPENSER vyvinutý v rámci tohoto diplomového projektu jako nástroj k hledání a optimalizaci peptidových ligandů, stejně jako k validaci ligandů nalezených display technikami. K popisu jeho funkčních omezení bylo připraveno několik knihoven sestávajících celkem z 1 052 peptidů. Reprezentativní vzorek 154 preparací, představující 14,6 % analytické pokrytí připravených knihoven, vykazoval dle LC-MS průměrnou čistotu 67 ± 19 %. Na předložených knihovnách je ilustrováno, že SPENSER je vhodným nástrojem pro paralelní syntézu lineárních i disulfidově cyklizovaných peptidů s omezenou variabilitou, či knihoven sestávajících z krátkých peptidů. Jeho nízký rozsah reakce ve srovnání s komerčně dostupnými syntetizátory dále...
Peptides are used as synthetically available and easily derivatizable scaffold upon which it is possible to develop ligands targeting broad spectrum of biological targets. A time-tested approach to peptide binder identification is the preparation and screening of combinatorial libraries. Bypassing of this complicated procedure is possible by using biological systems for presentation, identification and selection of peptides based on the principle of in vitro evolution - i.e. display techniques. There are two complementary automated solutions for peptide binder identification described in this work. First is the SPENSER parallel peptide synthesizer, developed as a part of this diploma project, which can be used for peptide ligand discovery and optimization as well as validation of ligands identified using display techniques. Several libraries consisting of a total of 1 052 peptides have been prepared and then used to describe its potential applications. A sample of 154 preparations, representing 14.6 % analytical coverage of the prepared libraries, showed an average purity of 67 ± 19 % according to LC-MS. The libraries presented illustrate that SPENSER is a suitable tool for the parallel synthesis of linear and disulfide-cyclized peptides with limited variability, or libraries consisting of short...