Small noncoding RNAs and their prognostic value in myelodysplastic syndromes

Abstract

Myelodysplastický syndrom (MDS) je heterogenní onemocnění vyznačující se nedostatečnou krvetvorbou, dysplazií kostní dřeně a cytopenií jedné nebo více krevních řad v periferní krvi. Současný pokrok v porozumění patogenezi MDS na molekulární úrovni přináší nové možnosti v oblasti stanovení diagnózy, prognózy a léčby tohoto onemocnění. Malé nekódující RNA (sncRNA), obzvláště mikroRNA (miRNA), jsou středem zájmu v oblasti výzkumu jejich funkce, exprese, úlohy při vzniku a vývoji onemocnění a také jejich možného využití coby biomarkerů onemocnění. V poslední době je pozornost věnována také extracelulárním sncRNA a to obzvláště těm, které jsou přítomny v krevním oběhu, tzv. "cirkulujícím" sncRNA. Cirkulující sncRNA jsou považovány za snadno dostupné potenciální biomarkery stavu onemocnění a rizika progrese. Základem této disertační práce je několik studií zabývajících se profily sncRNA u MDS pacientů. V rámci těchto studií jsme vyšetřovali jak profily intracelulárních sncRNA z CD34+ buňek kostní dřeně, tak profily extracelulárních sncRNA z celkové krevní plasmy a z extracelulárních vesikulů vyizolovaných z plasmy. K analýze jsme využili tzv. "high-throughput" technologie, konkrétně microarrays a sekvenování nové generace (NGS). Cílem bylo určit profily sncRNA charakterizující MDS a nalézt konkrétní...

Myelodysplastic syndromes (MDS) are a heterogeneous group of bone marrow (BM) disorders characterized by ineffective haematopoiesis, BM dysplasia, and peripheral blood cytopenia. In recent years, substantial progress has been made towards understanding the molecular pathogenesis of MDS that has brought new possibilities in MDS diagnostics, prognostics, and treatment. Small noncoding RNAs (sncRNAs), especially microRNAs (miRNAs), are in the field of scientific interest in terms of their expression, function, role in disease development, and potential utilization as disease biomarkers. Special attention has been focused on extracellular sncRNAs present in blood circulation, so called 'circulating' sncRNAs, which may become easily accessible biomarkers of disease state or risk of progression. We have conducted several studies on intracellular and extracellular sncRNA profiles of CD34+ BM cells and blood plasma, respectively, from MDS patients using microarrays or next generation sequencing (NGS). We aimed to identify specific sncRNA profiles associated with MDS and search for sncRNA biomarkers predictive of the patient prognosis and response to treatment with azacitidine (AZA). Another goal was to characterize and compare circulating sncRNA profiles of two different extracellular materials, total...