Actinobacteria communities in natural and anthropogenic environments

Abstract

12 Abstrakt (In Czech) Actinobacteria jsou významnou bakteriální skupinou účastnící se různých ekosystémových procesů, zejména při rozkladu komplexních organických sloučenin. Jejich schopnosti jim umožňují přežít v drsných podmínkách oligotrofních habitatů, jako jsou jezera, pouště, stěny jeskyní nebo odolný a nerozložitelný rostlinný opad v půdě, kde aktinobakterie často dominují. Ačkoliv jsou známy určité biotické a abiotické faktory ovlivňující výskyt aktinobakterií v těchto habitatech, vliv antropogenního tlaku na jejich společenstvo je zřídka znám. Hlavním cílem této práce je tedy určit rozdíly v aktinobakteriálních společenstvech pod přímým (lidští návštěvníci měnící mikroenvironmentální prostředí jeskyň, část 1) a nepřímým (faktory klimatické změny jako jsou změny srážek nebo kvality rostlinného opadu, část 2) vlivem člověka ve dvou habitatech, rostlinném opadu v půdě a stěnách jeskyň, kde aktinobakterie hrají významnou roli a kde dominují. V první části disertace jsme sledovali aktinobakteriální společenstva na zdech francouzských vápencových jeskyní odlišně ovlivněných člověkem (přírodní versus antropizované jeskyně). K identifikaci významných druhů (např. potenciálních patogenů nebo pigmenty produkujících aktinobakterií) pomocí amplikonového sekvenování environmentální DNA (Illumina MiSeq), jsme...

10 Abstract Actinobacteria are important bacterial group participating in various ecosystem processes particularly in the decomposition of complex organic compounds. Their abilities enable them to surviving in harsh conditions of oligotrophic habitats like lakes, deserts, cave walls or recalcitrant and resistant litter in soil, where Actinobacteria often dominate. Although certain biotic and abiotic factors were recognized to modulate Actinobacteria incidence in such habitats, the influence of anthropogenic pressure on their communities is scarcely known. The main objective of this thesis is therefore to determine differences of Actinobacteria communities under the direct (the human visitors changing microenvironment of caves, part 1) and indirect (climate change factors like altered precipitation or plant litter quality, part 2) anthropogenic influence in two habitats, plant litter in soil and cave walls, where Actinobacteria play important roles and dominate. In a first part of the thesis we monitored Actinobacteria communities in French limestone caves walls differently affected by humans (pristine versus anthropized caves). For identification of important species like potential pathogens or pigments producing Actinobacteria using amplicon sequencing of environmental DNA (Illumina MiSeq), we firstly used...